Basic Information

Symbol
MATN2
RNA class
mRNA
Alias
Matrilin 2 Matrilin-2 Testis Tissue Sperm-Binding Protein Li 94mP
Location (GRCh38)
8:97868840-98036769
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002380.5
Sequence length
4133.0 nt
GC content
0.4837

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1337.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1406.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1106.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317748.2 NCBI
AGCGCCUCCCAGGCAGCCAGCGAGCGAAGGGAGCGCUCUGGGAUGGGAC… 4010 nt 0.4848
NM_002380.5 NCBI
AGCGCCUCCCAGGCAGCCAGCGAGCGAAGGGAGCGCUCUGGGAUGGGAC… 4133 nt 0.4837
NM_030583.4 NCBI
AGCGCCUCCCAGGCAGCCAGCGAGCGAAGGGAGCGCUCUGGGAUGGGAC… 4076 nt 0.4850
Summary

This gene encodes a member of the von Willebrand factor A domain containing protein family. This family of proteins is thought to be involved in the formation of filamentous networks in the extracellular matrices of various tissues. This protein contains five von Willebrand factor A domains. The specific function of this gene has not yet been determined. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the MATN2 exhibited a Gini impurity score of 0, being present in all pure seminal fluid samples and in mixtures containing semen while being absent in mixtures without semen, confirming its role as a discriminatory protein for body fluid classification [Shehata et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103343].