Basic Information

Symbol
MBD1
RNA class
mRNA
Alias
Methyl-CpG Binding Domain Protein 1 CXXC3 PCM1 Protein Containing Methyl-CpG-Binding Domain 1 Methyl-CpG-Binding Domain Protein 1 CXXC-Type Zinc Finger Protein 3 Protein Containing MBD 1 The Regulator Of Fibroblast Growth Factor 2 (FGF-2) Transcription Methyl-CpG-Binding Protein MBD1 RFT
Location (GRCh38)
18:50266746-50281846
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015846.4
Sequence length
3009.0 nt
GC content
0.5636

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1193.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1241.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 760.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001399953.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2797 nt 0.5570
NM_001399954.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2555 nt 0.5581
NM_001399955.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2490 nt 0.5570
NM_001399956.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2709 nt 0.5578
NM_001399957.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2696 nt 0.5564
NM_001399958.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2728 nt 0.5557
NM_001399959.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2997 nt 0.5682
NM_001399960.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2368 nt 0.5769
NM_001399961.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2359 nt 0.5757
NM_001399962.1 NCBI
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGC… 2944 nt 0.5666
Showing 121 to 130 of 147 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a member of a family of nuclear proteins related by the presence of a methyl-CpG binding domain (MBD). These proteins are capable of binding specifically to methylated DNA, and some members can also repress transcription from methylated gene promoters. This protein contains multiple domains: MBD at the N-terminus that functions both in binding to methylated DNA and in protein interactions; several CXXC-type zinc finger domains that mediate binding to non-methylated CpG dinucleotides; transcriptional repression domain (TRD) at the C-terminus that is involved in transcription repression and in protein interactions. Numerous alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been noted for this gene.[provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the MBD1 is a marker for cardiomyocyte nuclei and was used as an antibody target to isolate cardiomyocyte nuclei for single-nucleus RNA sequencing analysis following myocardial infarction [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].