Basic Information

Symbol
MBD3
RNA class
mRNA
Alias
Methyl-CpG Binding Domain Protein 3 Methyl-CpG-Binding Domain Protein 3 Methyl-CpG-Binding Protein MBD3
Location (GRCh38)
19:1573596-1592869
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001281453.2
Sequence length
5678.0 nt
GC content
0.6277

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2528.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2624.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1280.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001281453.2 NCBI
GGGUGGGCGGAGCGGGCCCCCCGAGCGGGGGCUGGCGAGCGCGGGGAGG… 5678 nt 0.6277
NM_001281454.2 NCBI
GGGUGGGCGGAGCGGGCCCCCCGAGCGGGGGCUGGCGAGCGCGGGGAGG… 5582 nt 0.6272
Summary

DNA methylation is the major modification of eukaryotic genomes and plays an essential role in mammalian development. This gene belongs to a family of nuclear proteins which are characterized by the presence of a methyl-CpG binding domain (MBD). The encoded protein is a subunit of the NuRD, a multisubunit complex containing nucleosome remodeling and histone deacetylase activities. Unlike the other family members, the encoded protein is not capable of binding to methylated DNA. The protein mediates the association of metastasis-associated protein 2 with the core histone deacetylase complex. Alternative splicing results in multiple transcript variants of this gene. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

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