Basic Information
Symbol
MC1R
RNA class
mRNA
Alias
Melanocortin 1 Receptor
MSH-R
Alpha Melanocyte Stimulating Hormone Receptor
Melanocyte-Stimulating Hormone Receptor
MC1-R
Melanocortin 1 Receptor (Alpha Melanocyte Stimulating Hormone Receptor)
Melanocortin Receptor 1
Melanotropin Receptor
SHEP2
CMM5
MSHR
Location (GRCh38)
16:89912119-89920977
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_002386.4
Sequence length
2111.0 nt
GC content
0.6210
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-954.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-988.15 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
389.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AUUCUUCCCAGGACCUCAGCGCAGCCCUGGCCCAGGAAGGCAGGAGACA… | 2111 nt | 0.6210 |
Summary
This intronless gene encodes the receptor protein for melanocyte-stimulating hormone (MSH). The encoded protein, a seven pass transmembrane G protein coupled receptor, controls melanogenesis. Two types of melanin exist: red pheomelanin and black eumelanin. Gene mutations that lead to a loss in function are associated with increased pheomelanin production, which leads to lighter skin and hair color. Eumelanin is photoprotective but pheomelanin may contribute to UV-induced skin damage by generating free radicals upon UV radiation. Binding of MSH to its receptor activates the receptor and stimulates eumelanin synthesis. This receptor is a major determining factor in sun sensitivity and is a genetic risk factor for melanoma and non-melanoma skin cancer. Over 30 variant alleles have been identified which correlate with skin and hair color, providing evidence that this gene is an important component in determining normal human pigment variation. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No relevant information is available at the moment.