Basic Information

Symbol
MCF2L
RNA class
mRNA
Alias
MCF.2 Cell Line Derived Transforming Sequence Like OST KIAA0362 ARHGEF14 DBS Guanine Nucleotide Exchange Factor DBS DBL'S Big Sister MCF2 Transforming Sequence-Like Protein MCF2-Transforming Sequence-Like Protein
Location (GRCh38)
13:112894378-113099742
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001112732.3
Sequence length
6427.0 nt
GC content
0.5558

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2481.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2586.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1504.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001112732.3 NCBI
GCGGAACCAAUCCUGGGCAGGGAGGCGGCGGCUGGAGGCUGAAAGCGCU… 6427 nt 0.5558
NM_001320815.2 NCBI
AGGGACAUCGAAUCGGAGGCCCUGGGAGGAGCAGCCGGCUGGCUGCCCU… 6527 nt 0.5580
NM_001320816.2 NCBI
AUUGUCUGCCUGCUCUUCCAGGCGUGCAGGGCAGUGGUGGCUCGGGCCA… 6575 nt 0.5580
NM_001320817.2 NCBI
AGGGACAUCGAAUCGGAGGCCCUGGGAGGAGCAGCCGGCUGGCUGCCCU… 3453 nt 0.5977
NM_001366644.2 NCBI
CCUUUCUAGCCGUGGUAGCUGUGACAUGGGGGGCACUGGUUGGCAGCUG… 6823 nt 0.5449
NM_001366645.2 NCBI
GACUCAGGCUUCUACUACCAGGCUCAUCCGAGGACGGAGGCUGUCGUUA… 6301 nt 0.5517
NM_001366646.2 NCBI
GACUCAGGCUUCUACUACCAGGCUCAUCCGAGGACGGAGGCUGUCGUUA… 6226 nt 0.5519
NM_024979.4 NCBI
AGGGACAUCGAAUCGGAGGCCCUGGGAGGAGCAGCCGGCUGGCUGCCCU… 6456 nt 0.5576
Summary

This gene encodes a guanine nucleotide exchange factor that interacts specifically with the GTP-bound Rac1 and plays a role in the Rho/Rac signaling pathways. A variant in this gene was associated with osteoarthritis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the MCF2L was identified as a candidate forensic biomarker of hypothermia, showing a 0.525-fold downregulation in the pulmonary transcriptome of hypothermia-exposed animals compared to controls [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2020.101789].