Basic Information

Symbol
MDFIC
RNA class
mRNA
Alias
MyoD Family Inhibitor Domain Containing HIC MDFIC1 MyoD Family Inhibitor Domain-Containing Protein I-Mfa Domain-Containing Protein LMPHM12
Location (GRCh38)
7:114921746-115019917
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001166345.3
Sequence length
5373.0 nt
GC content
0.3905

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1480.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1586.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1479.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001166345.3 NCBI
AUUCACUCCCCUUUCCCAGCCCCGGGAGGGCGCAGCGCCCGGGUGGGGA… 5373 nt 0.3905
NM_001166346.1 NCBI
CCCAGGCCGGCUCUGGCCUCCUGACCCAGACAGCGCAGGGCGCGAGGGA… 891 nt 0.6521
NM_199072.5 NCBI
AUUCACUCCCCUUUCCCAGCCCCGGGAGGGCGCAGCGCCCGGGUGGGGA… 5373 nt 0.3905
Summary

This gene product is a member of a family of proteins characterized by a specific cysteine-rich C-terminal domain, which is involved in transcriptional regulation of viral genome expression. Alternative translation initiation from an upstream non-AUG (GUG), and an in-frame, downstream AUG codon, results in the production of two isoforms, p40 and p32, respectively, which have different subcellular localization; p32 is mainly found in the cytoplasm, whereas p40 is targeted to the nucleolus. Both isoforms have transcriptional regulatory activity that is attributable to the cysteine-rich C-terminal domain. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

A study in humans identified the MDFIC as a key hub gene within a protein-protein interaction network constructed from differentially expressed mRNAs in the ceRNA regulatory network of septic acute kidney injury [Ma et al. DOI:10.3389/fgene.2023.1209042].