Basic Information

Symbol
MDH1
RNA class
mRNA
Alias
Malate Dehydrogenase 1 Malate Dehydrogenase 1, NAD (Soluble) Aromatic Alpha-Keto Acid Reductase Malate Dehydrogenase, Cytoplasmic Cytosolic Malate Dehydrogenase EC 1.1.1.37 MDHA KAR Epididymis Secretory Protein Li 32 Malate Dehydrogenase, Peroxisomal Diiodophenylpyruvate Reductase Soluble Malate Dehydrogenase EC 1.1.1.96 HEL-S-32 MGC:1375 EIEE88 DEE88 MDH-S MOR2
Location (GRCh38)
2:63588557-63607273
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005917.4
Sequence length
1296.0 nt
GC content
0.4306

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-365.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -392.38 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 336.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199111.2 NCBI
ACUGUCCUUCGCGCCCUUUGGCAAGCUCGGACUCAUCUUCUGGGGAUUG… 1451 nt 0.4438
NM_001199112.2 NCBI
ACUGUCCUUCGCGCCCUUUGGCAAGCUCGGACUCAUCUUCUGGGGAUUG… 1354 nt 0.4387
NM_001316374.2 NCBI
GAGUCAGUUCCGCGGUAGAGGUGACCUGACUCUCUGAGGCUCAUUUUGC… 1296 nt 0.4306
NM_005917.4 NCBI
GAGUCAGUUCCGCGGUAGAGGUGACCUGACUCUCUGAGGCUCAUUUUGC… 1296 nt 0.4306
Summary

This gene encodes an enzyme that catalyzes the NAD/NADH-dependent, reversible oxidation of malate to oxaloacetate in many metabolic pathways, including the citric acid cycle. Two main isozymes are known to exist in eukaryotic cells: one is found in the mitochondrial matrix and the other in the cytoplasm. This gene encodes the cytosolic isozyme, which plays a key role in the malate-aspartate shuttle that allows malate to pass through the mitochondrial membrane to be transformed into oxaloacetate for further cellular processes. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. A recent study showed that a C-terminally extended isoform is produced by use of an alternative in-frame translation termination codon via a stop codon readthrough mechanism, and that this isoform is localized in the peroxisomes. Pseudogenes have been identified on chromosomes X and 6. [provided by RefSeq, Feb 2016]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.