Basic Information

Symbol
MECOM
RNA class
mRNA
Alias
MDS1 And EVI1 Complex Locus PRDM3 MDS1-EVI1 KMT8E EVI1 MDS1 Ecotropic Virus Integration Site 1 Protein Homolog Myelodysplasia Syndrome-Associated Protein 1 Histone-Lysine N-Methyltransferase MECOM PR Domain 3 MDS1 And EVI1 Complex Locus Protein EVI1 MDS1 And EVI1 Complex Locus Protein MDS1 MDS1 And EVI1 Complex Locus Protein Ecotropic Viral Integration Site 1 Myelodysplasia Syndrome 1 Protein Myelodysplasia Syndrome 1 AML1-EVI-1 Fusion Protein Zinc Finger Protein Evi1 Oncogene EVI1 EC 2.1.1.367 AML1-EVI-1 RUSAT2 EVI-1
Location (GRCh38)
3:169083499-169663775
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004991.4
Sequence length
5462.0 nt
GC content
0.4332

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1497.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1606.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1369.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001105077.4 NCBI
CCUUGCCAAGUAACAGCUUUGCUGUCCAACAUCGUGUGCUGCUUCGCGA… 4892 nt 0.4240
NM_001105078.4 NCBI
CUUGUUCCUCCUGCGAAACGGUGCGGUCUGGACACGUCUCCGGGGUGGG… 4810 nt 0.4258
NM_001163999.2 NCBI
CCUUGCCAAGUAACAGCUUUGCUGUCCAACAUCGUGUGCUGCUUCGCGA… 4803 nt 0.4237
NM_001164000.2 NCBI
AGAUCACUCUGGGCGGCGGGAGAUAGCUCCCUUUCUCCCUCGCCCCGGG… 5469 nt 0.4295
NM_001205194.2 NCBI
GCUGAGAUGUUGGAGGGGCGUCUAGCGCGCAUGUGCGAAGGUGUCCAAA… 5124 nt 0.4303
NM_001366466.2 NCBI
GCUGAGAUGUUGGAGGGGCGUCUAGCGCGCAUGUGCGAAGGUGUCCAAA… 5435 nt 0.4329
NM_001366467.2 NCBI
AGAUCACUCUGGGCGGCGGGAGAUAGCUCCCUUUCUCCCUCGCCCCGGG… 5499 nt 0.4299
NM_001366468.2 NCBI
CUUGUUCCUCCUGCGAAACGGUGCGGUCUGGACACGUCUCCGGGGUGGG… 4813 nt 0.4259
NM_001366469.2 NCBI
AGAUCACUCUGGGCGGCGGGAGAUAGCUCCCUUUCUCCCUCGCCCCGGG… 5496 nt 0.4298
NM_001366470.2 NCBI
AGAUCACUCUGGGCGGCGGGAGAUAGCUCCCUUUCUCCCUCGCCCCGGG… 5472 nt 0.4296
Showing 1 to 10 of 16 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a transcriptional regulator and oncoprotein that may be involved in hematopoiesis, apoptosis, development, and cell differentiation and proliferation. The encoded protein can interact with CTBP1, SMAD3, CREBBP, KAT2B, MAPK8, and MAPK9. This gene can undergo translocation with the AML1 gene, resulting in overexpression of this gene and the onset of leukemia. Several transcript variants encoding a few different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2011] CIViC Summary for MECOM Gene

Forensic Context

A study in zebrafish and mice demonstrated that the MECOM transcript, categorized as a development gene involved in embryogenesis, exhibited a significant increase in relative abundance within 0.5 hours postmortem in mouse tissues [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267]. This finding was part of a broader analysis of 1063 genes whose mRNA profiles became more abundant after death, revealing non-random, time-dependent patterns indicative of a step-wise shutdown process.