Basic Information

Symbol
MECOM
RNA class
mRNA
Alias
MDS1 And EVI1 Complex Locus PRDM3 MDS1-EVI1 KMT8E EVI1 MDS1 Ecotropic Virus Integration Site 1 Protein Homolog Myelodysplasia Syndrome-Associated Protein 1 Histone-Lysine N-Methyltransferase MECOM PR Domain 3 MDS1 And EVI1 Complex Locus Protein EVI1 MDS1 And EVI1 Complex Locus Protein MDS1 MDS1 And EVI1 Complex Locus Protein Ecotropic Viral Integration Site 1 Myelodysplasia Syndrome 1 Protein Myelodysplasia Syndrome 1 AML1-EVI-1 Fusion Protein Zinc Finger Protein Evi1 Oncogene EVI1 EC 2.1.1.367 AML1-EVI-1 RUSAT2 EVI-1
Location (GRCh38)
3:169083499-169663775
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004991.4
Sequence length
5462.0 nt
GC content
0.4332

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1497.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1606.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1369.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001366471.2 NCBI
CUUGUUCCUCCUGCGAAACGGUGCGGUCUGGACACGUCUCCGGGGUGGG… 4783 nt 0.4255
NM_001366472.2 NCBI
CCAGUCAAGGAAACAAACAACAAAAGAUCAACCAGAAACCAAACAGACU… 4926 nt 0.4200
NM_001366473.2 NCBI
GCUGAGAUGUUGGAGGGGCGUCUAGCGCGCAUGUGCGAAGGUGUCCAAA… 4463 nt 0.4307
NM_001366474.2 NCBI
AGAUCACUCUGGGCGGCGGGAGAUAGCUCCCUUUCUCCCUCGCCCCGGG… 4497 nt 0.4265
NM_004991.4 NCBI
GCUGAGAUGUUGGAGGGGCGUCUAGCGCGCAUGUGCGAAGGUGUCCAAA… 5462 nt 0.4332
NM_005241.4 NCBI
CCUUGCCAAGUAACAGCUUUGCUGUCCAACAUCGUGUGCUGCUUCGCGA… 4827 nt 0.4239
Showing 11 to 16 of 16 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a transcriptional regulator and oncoprotein that may be involved in hematopoiesis, apoptosis, development, and cell differentiation and proliferation. The encoded protein can interact with CTBP1, SMAD3, CREBBP, KAT2B, MAPK8, and MAPK9. This gene can undergo translocation with the AML1 gene, resulting in overexpression of this gene and the onset of leukemia. Several transcript variants encoding a few different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2011] CIViC Summary for MECOM Gene

Forensic Context

A study in zebrafish and mice demonstrated that the MECOM transcript, categorized as a development gene involved in embryogenesis, exhibited a significant increase in relative abundance within 0.5 hours postmortem in mouse tissues [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267]. This finding was part of a broader analysis of 1063 genes whose mRNA profiles became more abundant after death, revealing non-random, time-dependent patterns indicative of a step-wise shutdown process.