Basic Information

Symbol
METTL15
RNA class
mRNA
Alias
Methyltransferase 15, Mitochondrial 12S RRNA N4-Cytidine METT5D1 12S RRNA N(4)-Cytidine Methyltransferase METTL15 Methyltransferase 5 Domain-Containing Protein 1 Methyltransferase 5 Domain Containing 1 Methyltransferase-Like Protein 15 12S RRNA M4C Methyltransferase Methyltransferase Like 15 FLJ33979 Probable S-Adenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase METT5D1 Putative S-Adenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase METT5D1 12S RRNA N4-Methylcytidine (M4C) Methyltransferase Probable Methyltransferase-Like Protein 15 EC 2.1.1.-
Location (GRCh38)
11:28108248-28527041
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001113528.2
Sequence length
4208.0 nt
GC content
0.3828

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1091.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1171.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1358.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001113528.2 NCBI
AGCCACUUGAGAUCACCAGGCCUCCUGUAGACCGGCGGGUGCAGGGCCC… 4208 nt 0.3828
NM_001297775.2 NCBI
AGCCACUUGAGAUCACCAGGCCUCCUGUAGACCGGCGGGUGCAGGGCCC… 4164 nt 0.3816
NM_152636.3 NCBI
AGCCACUUGAGAUCACCAGGCCUCCUGUAGACCGGCGGGUGCAGGGCCC… 4279 nt 0.3823
Summary

Enables rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity. Involved in rRNA base methylation. Is active in mitochondrial matrix. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that acute alcohol exposure during neurulation induces rapid transcriptomic changes in the rostroventral neural tube, with the METTL15 being down-regulated (-0.37 Log2FC) alongside other methyltransferase activity genes at the 4-hour post-exposure time point [Boschen et al. DOI:10.1016/J.Alcohol.2022.09.001].