Basic Information

Symbol
MFAP5
RNA class
mRNA
Alias
Microfibril Associated Protein 5 MAGP2 MP25 Microfibril-Associated Glycoprotein-2 Microfibrillar Associated Protein 5 Microfibrillar-Associated Protein 5 MAGP-2 MFAP-5 Microfibril-Associated Glycoprotein 2 THE1A-MFAP5 AAT9
Location (GRCh38)
12:8637346-8672519
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003480.4
Sequence length
2872.0 nt
GC content
0.3969

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-745.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -800.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 608.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001297709.2 NCBI
AUUGUAACACACAUUCUACGCCUAGCCUGGCUUUCUUGCUCUCCCUCAU… 2842 nt 0.3962
NM_001297710.2 NCBI
AUUGUAACACACAUUCUACGCCUAGCCUGGCUUUCUUGCUCUCCCUCAU… 2806 nt 0.3942
NM_001297711.2 NCBI
AUUGUAACACACAUUCUACGCCUAGCCUGGCUUUCUUGCUCUCCCUCAU… 2797 nt 0.3954
NM_001297712.2 NCBI
AUUGUAACACACAUUCUACGCCUAGCCUGGCUUUCUUGCUCUCCCUCAU… 2680 nt 0.3929
NM_003480.4 NCBI
AUUGUAACACACAUUCUACGCCUAGCCUGGCUUUCUUGCUCUCCCUCAU… 2872 nt 0.3969
Summary

This gene encodes a 25-kD microfibril-associated glycoprotein which is a component of microfibrils of the extracellular matrix. The encoded protein promotes attachment of cells to microfibrils via alpha-V-beta-3 integrin. Deficiency of this gene in mice results in neutropenia. Alternate splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the MFAP5 is a specific gene marker defining the COMP+/MFAP5+ FB6 fibroblast subcluster within the human corpus cavernosum, with its spatial localization validated by immunohistochemical staining [Zhao et al. DOI:10.1038/s41467-022-31950-9].