Basic Information

Symbol
MFSD2A
RNA class
mRNA
Alias
MFSD2 Lysolipid Transporter A, Lysophospholipid Sodium-Dependent Lysophosphatidylcholine Symporter 1 Sodium-Dependent LPC Symporter 1 SLC59A1 MFSD2 Major Facilitator Superfamily Domain-Containing Protein 2A Major Facilitator Superfamily Domain Containing 2A FLJ14490 HsMFSD2A NLS1 Major Facilitator Superfamily Domain Containing 2 NEDMISBA MCPH15 MFSD2a
Location (GRCh38)
1:39955112-39969968
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032793.5
Sequence length
2129.0 nt
GC content
0.5571

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-782.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -821.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 606.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001136493.3 NCBI
AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCG… 2168 nt 0.5549
NM_001287808.2 NCBI
AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCG… 1869 nt 0.5564
NM_001287809.2 NCBI
AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCG… 2012 nt 0.5606
NM_001349821.2 NCBI
AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCG… 2123 nt 0.5572
NM_001349822.2 NCBI
AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCG… 2045 nt 0.5594
NM_001349823.2 NCBI
AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCG… 2125 nt 0.5576
NM_032793.5 NCBI
AGAGUGCGUUCCUCGUCUGCCAGCCGGCUUGGCUAGCGCGCGGCGGCCG… 2129 nt 0.5571
Summary

The protein encoded by this gene is a transmembrane protein and sodium-dependent lysophosphatidylcholine transporter. The encoded protein is involved in the establishment of the blood-brain barrier and is required for brain growth and function. Defects in this gene are a cause of a progressive microcephaly syndrome. [provided by RefSeq, Mar 2017]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.