Basic Information

Symbol
MGAT2
RNA class
mRNA
Alias
Alpha-1,6-Mannosyl-Glycoprotein 2-Beta-N-Acetylglucosaminyltransferase GNT-II Mannosyl (Alpha-1,6-)-Glycoprotein Beta-1,2-N-Acetylglucosaminyltransferase N-Glycosyl-Oligosaccharide-Glycoprotein N-Acetylglucosaminyltransferase II Beta-1,2-N-Acetylglucosaminyltransferase II Mannoside Acetylglucosaminyltransferase 2 EC 2.4.1.143 GlcNAc-T II UDP-N-Acetylglucosamine:Alpha-6-D-Mannoside Beta-1,2-N-Acetylglucosaminyltransferase II GLCNACTII CDG2A CDGS2 GNT2
Location (GRCh38)
14:49620799-49623481
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002408.4
Sequence length
2683.0 nt
GC content
0.4752

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-918.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -967.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 682.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((((((((.....((...(((((((.((.(((.((((((((..(((((.(((((((((......))))......)))))..)))))(((((((((..(((((((.((.(((.((....((((.((((((((((.(((((((((((((((..((((((((((...(((((........)))).)....)))))..)))))..)))))))).))))))).))((.((((((.((((..(((.......))).)))).))....(((((((((((((.(((((((....(((((((((((((((((.((....))))))))))))))((((.(((..((((.((.((((.((((.(((((..((......))....)).))))))).))))..))..))))((((......))))..)))))))))))).)).)))))))))))))))))))))))).((((.((....))))))((((((.(.....).))))))..))))))..))))))..))))).)).))))))))))))))))...(((((((((((((....((...........))))))))....)))))))(((((.((((((..(((((.((((.((((((((((.((((....)))).)))))))))).))))))))).)))).))....))))).))))))))))).).))))))))...))..(((...))).)))))))))..)))))(((.(((((((((((....)))((...((((.((((((...((((((.((...(....((((((((((((((((..((((.(.....).)))).))))))))))).....))))))..)).))))))(((((.(((((...((((........((((((((...((.((((((...(((((........)))))...(((((......)))))..((.(((...((((((..((...))..))))))....))).)).............((((((((..((((.((....((((((.(((.......))).))))))(((.....)))..(((((((...........((..(((((((((.(((....)))))))))))).))))))))).......(((((......)))))(((.((((........))))..)))..(((((.....((.((((.((((((((...((((((((((.((((.......))))..))))...))))))..))))).)))...)))).)).....(((((((((....)))))))))........))))).)).)))).)))))))))))))).)))))))))).......))))))))).)))))(((((((((((..(((.(((((((((((((......(((....))).....)))).......))).))))))...))).))))).)).)))).))))))))))))(((((.....)))))..((((((...))))))..)))))))))))...(((((...(((........)))(((((......)))))((((((((...((((((....(((((((((((((.((((((((.((((.(((..(((((........))).)).)))))))..(((((((.((...)).).))))))......................)))))))).......((((.(((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((............))))))))))))..(((((((((((((((((.........(((((((((((..((...................))..))))))))))).((((((...(((((.....)))))....))))))....)))))))).....)))))))))......(((((..........)))))...)))..)))......)))))).))))))...(((.((((.....)))).))).))))).))))..(((((((....(((((..(((((((...(((((..(((.((...((((((....))))))...))))).((((((((((....((((((((...((((((((((.................(((((...(((((...(((((((.((.....(((((((...((((((......(((((....))))).....(((((..(((((..(((.((((((........((((((((((((..((.((((((...............)))))).))....)))))....((((((....)))))))))))))....)))))).))).....)))))...))))))))))).)))))))..)).)))))))((((((((((((....)).)))))))))).......))))))))))..))))))))))..))))))))....)))))).)))).((((((((((..((((.(((((((((.((....((...))....)).))))))))))))).)))))))))).((((((........)))))))))))...)))))))...))))).....)))))))...))))))).)))))).....))))))))))))))................)))))...(((((((((((((.((((......)))).))).)))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((,...}|(,(((((({{{,.((...(((((((.{(.(((.((((((((..(((((.(((((((((......))))......)))))..)))))(((((((((.,(((((((.((.(((,((,...{(({{(({{((((((.(((((((((((((((..((((((((((...(((((........)))).}....))))),.}))))..)))))))).))))))).)){|,{||{{,,||||..|||,.,},.}))),|}}|.}}.,..(((((((((((((.((((({{....(((((((((((((((((.((...,)})))))))))))}{{{,.{(({.((((.((.((((.((((.(((((..((......)).,..)).))))))).))))..))..))))},,...,((,{..},,}))))})))))).}}.)))))))))))))))))))))))),(({,(((....))))))((((((.(.....}.))))))..}))))}..)))))),,))))),)).)))))),))))))))).,,(((({{(((((((....((...........)}))))))....))))))}(((((.((((((..((((((((((.((((((((((.((((....)))).)))))))))).))))))))).)))).))....))))).))))))))))).).}))))))).,|,|,.({{...))}}))},,}},|{{|((((((.(((((.((((((((.,.(((((((...((((((,{...((((((.,{.,.,....((((((((((((((((.,((((.(.,...}.)))).))))))))))}....,))))),..}).))))))...,,,,{{{(,,,,...||....}}},}}|{|,..,{|...,|}}}..(((((........}))))..,,})}},.....)))))}))))))).,)))))))).........,.))))).)))))}}))}},,,,..{{{(((,({{{{({(((((....{{{(({{{{(((({{.{((.,,,(({(,,,(((((((...{{{{({{{((((({{.((({,,,..(((((((((.(((....))))))))))))....,,,((((.{,....,}.)))).....,{{(({.((((........))))}}}))}})},}}}}}}}|,})))}.{(((((,...)))))),,.......((((((.{((((...(((((((.(((({(((((,.,{{.({..{{{...(((.(((((((((....)))))))))})}}})..)),||,.,,,))}.,,,...)))}},))))))..)))))))..))))).)))))}..(((((((({{(((((..(((.(((((((((((((....,,(((....))).,,..)))}......}))),,)))))...))).))))).}}.)))))))){{{((((({(,(((.....)}))))))}.,}}}........))))))).|,,}}}}}}}.}|}}}|,,.,...,,,)),(((((......))))){{({{(({...{{{{{{{{..{{((({{{{{{{{.{(((({{{,((((,{((.,{{{{{,|.....,))),}),)}}}}}}..(((((({,(,...}).).))))))......................))))}}}|,,.....{(((.{((((((((((.(((((((({..{{{((((((((((((............))))))))))))..(((((((((((((((((.....,...(((((((((((..(({,...,}}}.{{,.....,))..))))))))))).|||{,{...(((((.....)))))....,}},,,....)))))))).....)))))))))......{{{{{...,......))))}...)))..}},....,})))))).)))))),,,{({.((((.....)))).}},.))))).))))..{{{||||,,,.{((((..(((((((.,.(((((..(({,({...{({{{{....))}))),..)})}}.((((((((((....((((((((...((((((((((..,......,,,.....(((((...(((((...,((((((..{,....(((((((...{(((({......(((((....)))))....,{{{{{,.(((((..{((,((((((.,,,,{{(((({,{{{{{{|,,||.({((((||........,||||}|}}},.}}..,.})))|{(((({{{.,,,,..,}},}}})))))))},)))))}.,,,.,}},)))))...})))})})))).))))))),.,).))))))|((((((((((((....)).)))))))))),......))))))))))..))))))))))..))))))))....)))))).)))).((((((((({..((({{((((((({{.,,....,,...}}....}}.}))))}}}})))).}))))))))}.((((((........)))))))))))...))))))),..})))}.....))))}}},..))))))).))))))..})})))))))))))))).......,,,,.....,},}},,.,,,,}}}}}}))))))))}}},..}}}},}.}.)))))))))),).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002408.4 NCBI
GCAGUUGCGGGUUGUCAUAACGGUCCCCGCCGGAGUGAGGCGAGGCCGC… 2683 nt 0.4752
Summary

The product of this gene is a Golgi enzyme catalyzing an essential step in the conversion of oligomannose to complex N-glycans. The enzyme has the typical glycosyltransferase domains: a short N-terminal cytoplasmic domain, a hydrophobic non-cleavable signal-anchor domain, and a C-terminal catalytic domain. Mutations in this gene may lead to carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome, type II. The coding region of this gene is intronless. Transcript variants with a spliced 5' UTR may exist, but their biological validity has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples identified the MGAT2 as a protein-coding gene with a negative coefficient in a post-mortem interval (PMI) prediction model, where it was included in a down-regulated expression cluster [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].