Basic Information

Symbol
MMP13
RNA class
mRNA
Alias
Matrix Metallopeptidase 13 Collagenase 3 CLG3 Matrix Metalloproteinase 13 (Collagenase 3) MMP-13 Matrix Metalloproteinase-13 EC 3.4.24.35 EC 3.4.24.22 EC 3.4.24.24 EC 3.4.24.65 EC 3.4.24.- EC 3.4.24.7 EC 3.4.24 MANDP1 MDST
Location (GRCh38)
11:102942995-102955732
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002427.4
Sequence length
2714.0 nt
GC content
0.3891

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-674.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -735.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 713.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002427.4 NCBI
AACAGUCCCCAGGCAUCACCAUUCAAGAUGCAUCCAGGGGUCCUGGCUG… 2714 nt 0.3891
Summary

This gene encodes a member of the peptidase M10 family of matrix metalloproteinases (MMPs). Proteins in this family are involved in the breakdown of extracellular matrix in normal physiological processes, such as embryonic development, reproduction, and tissue remodeling, as well as in disease processes, such as arthritis and metastasis. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate the mature protease. This protease cleaves type II collagen more efficiently than types I and III. It may be involved in articular cartilage turnover and cartilage pathophysiology associated with osteoarthritis. Mutations in this gene are associated with metaphyseal anadysplasia. This gene is part of a cluster of MMP genes on chromosome 11. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that cryolesion-induced traumatic brain injury up-regulated the MMP13 at 24 hours postlesion, but no significant differences in its induction were observed between wild-type and tumor necrosis factor receptor 1 knockout mice [Quintana et al. DOI:10.1002/jnr.20680]. In human skin wound healing, cross-species single-cell analysis identified the MMP13 as a matrix metalloproteinase with a mouse-specific proteolytic role, functionally analogous to human MMP1 during re-epithelialization [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013].