Basic Information
Symbol
MMP19
RNA class
mRNA
Alias
Matrix Metallopeptidase 19
RASI-1
MMP18
Matrix Metalloproteinase RASI
Matrix Metalloproteinase-19
Matrix Metalloproteinase-18
Matrix Metalloproteinase-Beta19
Matrix Metalloproteinase 19
EC 3.4.24.-
MMP-19
MMP-18
CODA
RASI
Location (GRCh38)
12:55835433-55842968
Forensic tag(s)
Wound age identification
MANE select
Transcript ID
NM_002429.6
Sequence length
3236.0 nt
GC content
0.5260
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1134.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1193.99 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
713.42
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAACUGGGGGUAAGAGCCCCUCUGCCUAGCACUGCUCCCCCAAGGCUC… | 2968 nt | 0.5249 | |
| AGAACUGGGGGUAAGAGCCCCUCUGCCUAGCACUGCUCCCCCAAGGCUC… | 2990 nt | 0.5187 | |
| AGAACUGGGGGUAAGAGCCCCUCUGCCUAGCACUGCUCCCCCAAGGCUC… | 3236 nt | 0.5260 |
Summary
This gene encodes a member of a family of proteins that are involved in the breakdown of extracellular matrix in normal physiological processes, such as embryonic development, reproduction, and tissue remodeling, as well as in disease processes, such as arthritis and metastasis. The encoded protein is secreted as an inactive proprotein, which is activated upon cleavage by extracellular proteases. Alternative splicing results in multiple transcript variants for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2013]
Forensic Context
A study in mice and humans demonstrated that the MMP19 is a marker for Mac3 macrophages and is expressed in dermal fibroblast clusters in spatial transcriptomics [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013]. In human burn wound specimens, the MMP19 was identified as a collagen metabolism gene that was significantly up-regulated in burned tissue [Greco et al. DOI:10.1016/j.burns.2009.06.211]. A study in rats demonstrated that blast wave exposure induced upregulation of the MMP19 mRNA, specifically at 24 hours after 10-11 psi blast and at all time points after 14-15 psi exposure, correlating with vascular injury and wound healing processes [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001]. In mice subjected to cortical cryolesion, a traumatic brain injury model, the MMP19 was also upregulated post-injury, with a trend for this response to be decreased in mice with microglial interleukin-6 deficiency [Sanchis et al. DOI:10.1002/glia.23758].