Basic Information

Symbol
MMP2
RNA class
mRNA
Alias
Matrix Metallopeptidase 2 TBE-1 CLG4A 72 KDa Type IV Collagenase Matrix Metalloproteinase-2 EC 3.4.24.24 MMP-2 CLG4 Matrix Metalloproteinase 2 (Gelatinase A, 72kDa Gelatinase, 72kDa Type IV Collagenase) Matrix Metallopeptidase 2 (Gelatinase A, 72kDa Gelatinase, 72kDa Type IV Collagenase) Matrix Metalloproteinase-II Collagenase Type IV-A Neutrophil Gelatinase 72 KDa Gelatinase Gelatinase A EC 3.4.24 MMP-II MONA
Location (GRCh38)
16:55389700-55506691
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004530.6
Sequence length
3514.0 nt
GC content
0.5581

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1290.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1354.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 864.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001127891.3 NCBI
AAUGCAUGCCUGCCCUCCUGGGAAUGAAGCACAGCAGGUCUCAGCCUCA… 3401 nt 0.5293
NM_001302508.1 NCBI
GUGCAGGGUGUCCUAGCCAAGCCGGCGUCCCUCCUAGUAGUACCGCUGC… 3230 nt 0.5350
NM_001302509.2 NCBI
AGAUGUUGUCUUGUGAGCGUGCGCGCGCCUGGCUGGAGGGGCACUGAGC… 3144 nt 0.5366
NM_001302510.2 NCBI
UGUAAACAACUUUUGGACACAUCUGGGCAGUUGCUAAGGGCUCUUGCCA… 3137 nt 0.5330
NM_004530.6 NCBI
GCUGCAUCCAGACUUCCUCAGGCGGUGGCUGGAGGCUGCGCAUCUGGGG… 3514 nt 0.5581
Summary

This gene is a member of the matrix metalloproteinase (MMP) gene family, that are zinc-dependent enzymes capable of cleaving components of the extracellular matrix and molecules involved in signal transduction. The protein encoded by this gene is a gelatinase A, type IV collagenase, that contains three fibronectin type II repeats in its catalytic site that allow binding of denatured type IV and V collagen and elastin. Unlike most MMP family members, activation of this protein can occur on the cell membrane. This enzyme can be activated extracellularly by proteases, or, intracellulary by its S-glutathiolation with no requirement for proteolytical removal of the pro-domain. This protein is thought to be involved in multiple pathways including roles in the nervous system, endometrial menstrual breakdown, regulation of vascularization, and metastasis. Mutations in this gene have been associated with Winchester syndrome and Nodulosis-Arthropathy-Osteolysis (NAO) syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2014] CIViC Summary for MMP2 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the MMP2 gene is transcriptionally activated in response to full-thickness dermal skin injury, with its expression and proteolytic activity significantly upregulated in healing wounds at days 7, 21, and 90 compared to healthy skin [Jansen et al. DOI:10.1038/sj.jid.5700765]. In a separate human study, the MMP2 was identified as a differentially expressed protein in the serum of sepsis patients, where its mRNA expression pattern was consistent with its corresponding protein level, classifying it among potential diagnostic biomarkers for this condition [Wang et al. DOI:10.2147/IDR.S380137].