Basic Information

Symbol
MMP28
RNA class
mRNA
Alias
Matrix Metallopeptidase 28 MMP-28 EPILYSIN MMP-25 MM28 Matrix Metalloproteinase-28 MMP25 Matrix Metalloprotease MMP25 Matrix Metalloproteinase 28 EC 3.4.24.- Epilysin
Location (GRCh38)
17:35756249-35795707
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024302.5
Sequence length
2462.0 nt
GC content
0.6320

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1112.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1152.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 641.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001032278.3 NCBI
CUCCCUCCCUCGGUCCCCGGGGCCGGCGGACCCGCGGGCAGGCACUGCC… 1026 nt 0.5702
NM_024302.5 NCBI
CUCCCUCCCUCGGUCCCCGGGGCCGGCGGACCCGCGGGCAGGCACUGCC… 2462 nt 0.6320
NM_032950.4 NCBI
CUCCCUCCCUCGGUCCCCGGGGCCGGCGGACCCGCGGGCAGGCACUGCC… 2525 nt 0.6277
Summary

Proteins of the matrix metalloproteinase (MMP) family are involved in the breakdown of extracellular matrix for both normal physiological processes, such as embryonic development, reproduction and tissue remodeling, and disease processes, such as asthma and metastasis. This gene encodes a secreted enzyme that degrades casein. Its expression pattern suggests that it plays a role in tissue homeostasis and in wound repair. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Apr 2014]

Forensic Context

A study in humans identified the MMP28 as a potential diagnostic biomarker for sepsis, where it was found to be differentially expressed in both the transcriptome and proteome of patient serum, with its mRNA expression pattern consistent with the corresponding protein [Wang et al. DOI:10.2147/IDR.S380137]. In a separate human study on acute myocardial infarction, the MMP28 was identified as a top upregulated exosomal mRNA in patient plasma, associated with the acute inflammatory response [He et al. DOI:10.3389/fcvm.2021.712061].