Basic Information

Symbol
MMP8
RNA class
mRNA
Alias
Matrix Metallopeptidase 8 CLG1 Matrix Metalloproteinase 8 (Neutrophil Collagenase) Matrix Metalloproteinase-8 Neutrophil Collagenase PMNL Collagenase PMNL-CL MMP-8 PMN Leukocyte Collagenase Collagenase 2 EC 3.4.24.34 EC 3.4.24 HNC
Location (GRCh38)
11:102711796-102727050
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Cause of death analysis Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002424.3
Sequence length
3055.0 nt
GC content
0.4108

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-786.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -849.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 822.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001304441.2 NCBI
GACACAUGAUGCUGUGAACGUCAGGGUGCUCGCCAGGGAAGGGCCCUAC… 3146 nt 0.4088
NM_001304442.2 NCBI
GACACAUGAUGCUGUGAACGUCAGGGUGCUCGCCAGGGAAGGGCCCUAC… 3143 nt 0.4085
NM_002424.3 NCBI
GACACAUGAUGCUGUGAACGUCAGGGUGCUCGCCAGGGAAGGGCCCUAC… 3055 nt 0.4108
Summary

This gene encodes a member of the matrix metalloproteinase (MMP) family of proteins. These proteins are involved in the breakdown of extracellular matrix in embryonic development, reproduction, and tissue remodeling, as well as in disease processes, such as arthritis and metastasis. Proteolysis at different sites on this protein results in multiple active forms of the enzyme with distinct N-termini. This protein functions in the degradation of type I, II and III collagens. The gene is part of a cluster of MMP genes which localize to chromosome 11q22.3. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in human burn wound tissue using spatial transcriptomics identified the MMP8 as part of a neutrophil-expressed gene signature specifically expressed in the superficial region of the wound [Junak et al. DOI:10.1111/wrr.70061]. Separately, RNA-sequencing of human peripheral blood from sepsis patients demonstrated that the MMP8 was upregulated compared to healthy controls [Qin et al. DOI:10.1097/JCMA.0000000000000209]. A study in mice demonstrated that the MMP8 showed a significant increase at 24 hours and 5 days, but not at 6 hours, after paraquat exposure, classifying it as a late marker of pulmonary injury in this model [Tomita et al. DOI:10.1016/J.Tox.2006.12.005]. In human forensic research, the MMP8 was not among the five menstrual fluid mRNA markers investigated for time-dependent detection over the uterine cycle [Albani et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2020.102359].