Basic Information

Symbol
MPDZ
RNA class
mRNA
Alias
Multiple PDZ Domain Crumbs Cell Polarity Complex Component MUPP1 Multiple PDZ Domain Protein Multi-PDZ Domain Protein 1 HYC2
Location (GRCh38)
9:13104620-13279790
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001378778.1
Sequence length
7821.0 nt
GC content
0.4411

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2316.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2454.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2119.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001261406.2 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7722 nt 0.4408
NM_001261407.2 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7635 nt 0.4402
NM_001330637.2 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7657 nt 0.4355
NM_001375413.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7993 nt 0.4451
NM_001375416.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7558 nt 0.4352
NM_001375417.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7795 nt 0.4445
NM_001375418.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7756 nt 0.4340
NM_001375419.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7471 nt 0.4345
NM_001375420.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7447 nt 0.4345
NM_001375421.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 8179 nt 0.4518
Showing 1 to 10 of 18 entries
Summary

The protein encoded by this gene has multiple PDZ domains, which are hallmarks of protein-protein interactions. The encoded protein is known to interact with the HTR2C receptor and may cause it to clump at the cell surface. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the MPDZ transcript, a scaffolding protein associated with cancer, increased in relative abundance within 0.5 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].