Basic Information

Symbol
MPDZ
RNA class
mRNA
Alias
Multiple PDZ Domain Crumbs Cell Polarity Complex Component MUPP1 Multiple PDZ Domain Protein Multi-PDZ Domain Protein 1 HYC2
Location (GRCh38)
9:13104620-13279790
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001378778.1
Sequence length
7821.0 nt
GC content
0.4411

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2316.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2454.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2119.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((..((..(((((((((((((..(((((((..((((.......))))..)))))))(((((((((.((((((((...(((..(((((((((((......((((((((...(.(((.(((......))).))).)...))))))))((.((((((((((.(.(((...((((......))))....))).)...)))))))...))).))....)).))))))).))))))))))...)))...)))))))))..)))))))....))))))..))(((((((.((..((((((((((((....)))))...((((((((.((....))...))))))))..((((((((((.............((((((.(((((((...((((((.(((((.....)))))...(((((((((((.((((......((((((......(((..(((((.((......)).)))))..)))))))))((((((.(((((....)))))..)))).))....((((((....(((.......)))....))))))....((((...)))))))).)))))))).)))(((.((((...)))).))).....))))))...)))....(((((((...((((........))))...))))))).....)))).)))))).))))).))))))))))))..)).))))))).....((((((......)))))).....))))))))((((((((...((((((((((((...)))))..(((((((((....((((((..((((((((((((((.((((.(((((((.(((((((((((.(((((...((((((....)).))))..(((((((((...((((....))))..(((((.((....((((((((...(((((((....))).))))...))))))))....)).)).)))....((((.((.(((...))).)).))))....))))))))).((........))..(((((.....))))).(((....)))........)))))))))))).)))).(((((((((....((((((.(((((..(((((.(((((((...((..((....))..))..)))))))(((((((((((......)))))...))))))..........(((..((((............))))...)))))))))))))))))))(((((((((((((((.(((.((((...)))).......(((((.((...)).))))).))).))))).((.....))..((.(((...((((((((((((((((((((((...............((((((((((((((((........((..((((......(((((..((.(((.((((((((((((((((((((........)))))).)))..((((((((((((......(((((....((((((((((...))))....)))))).......(((........))).)))))...(((.(((..(((((...........(((((((((.(((....(((((((......))))))).....((((((((..(((((((.......((((...))))......))))).))....))))))))...)))..)))))))))))))).))).)))))))))))))))........(((((((.....)).)))))......)))))))))))..))).))..)))))...((((((((........(((...((((((.((..((((..((((((............((((((........))))))........((((((.....))))))(((((((..((((.(((((.((((..((.....))...)))).(((((..(((((((.(((.(((..............................)))))).))))))).)))))..(((((.((((((.....(((((......)))))..)))))).(((((..(((((((((((((((...((((((((....((((.((.((((((.(((.(......).))).).))))))).)))).....((.((((((((((((((((..(((((((((((((..(((((((((((((((((.(......)))))))).((((...((((((.....))))))...))))..((((((((((.((.((((.((.(((((.(.(((...((.((...((((((((..(((((((((....)))))...(((((((.((((((((....(.(((........)))))))))))).))))))).....(((.(((((.((.......)).))))).)))(((((..(((((......)))))..)).))).((((((......))))))......))))..)).))))))(((((((((....((((.(((((((.(.(((((.((((((............((((.....))))....((((((((......))).))))).(((((((((((.(((.((((((((...((((.....((.((....((..((((((.(.....((((..(((((.....(((.......)))..)))))..)))).).))))))..)).....))))......)))))))))))).)))..))))))..)))))))))))))))).)))))))).)))).((((((..((.(((((....))))).))..))))))...((((((.(((....)))..((((.((((.((.....))...))))))))((((((.....)))))))))))).....))).))))))....(((((((......(((((((((......))))......)))))....))))))))).))...)))).)))))...)).))))))))))))))))(((.(((.(((((((.(((((((((((((((((((.....(((((((.(.((((((........(((((...((((((((((((((((((.((((((((((((((................(((((((......))))).)).......))))))).))))))).))...((((((..((((((((((........((......)).(((((...(((((((.....)))).....(((....)))((((((((.((....(((.((((((...)))))).))).......(((((.(((((((((((.(((((((((((((.(((((...(((((((((((....)))....)))))))).))))).......((((((((((((.(.((((.....(((((((((..((((((....((.((((.............((((.......))))............)))).))...)))))).(((((.(((((((.((......(((((((((((((((.((((((......))))))........((((((((((........)))).))))))....((((((((.((((((.....((((((((((..(.((((....(((((....)))))....)))).)..((((((.......)))))))))))..((((..........)))).......((((((..(.....(((((((..((..((.((.((.................)).)).))...)).)))))))....((((((.................(((((........))))).......((.....))........((.((((....)))).)).))))))...)..)))))).........)))))..)))))).))))))))..(((.(((((.((..(((..(((((((((...((((((((.....))))))))........(((((......)))))(((((..((((((.....((....((((((.((.....((((((((..((((..((.(.((...)).).))..))))......(((.((...(((((..(((..(((((....)))))..)))..))))).)).)))........(((..(((((((............))))))))))....))))))))......))...))))))...)).....)))))).((((((((............(((.....)))............)))))))).)))))......)))))))))..)))..)))))))))))))))(((.((....)).))))))))))))).......)).))))))).))))).....(((.((.((((((.(((....(((((((...(((((((((((......((((((((...((((.((...))))))(((((((((((.(((((((............))))))))))))))..))))..(((((..((....)))))))...((((((((.(((.(((.......))).))).))))...))))..(.(((((....(((((((.(((...(((((.(((((.((((((((((((........))))))...))))))...)))))((((.((..(((..........))).))...))))............((((((((.....)))))))))))))....))).)))))))...))))).)...(((((.(...(((((.(((((......(((....)))......))))).))))).).)))))......))))))))))))))).))))....))))))).....))).).))))))))))((((((........))))))))))))))).(((...)))))))).)))))))))))).)))))..........((((....))))...))))))))....(((((((((((((....(((((((((.....((((((((((((((((......))))))(((((....(((....)))....))))).((((....(((((..((((...((((...))))))))..)))))......))))...((((.(((((.....)))))))))))))))))))((((.............))))..)))))))))))))((....(((((....)))))...)).)))))))))........((((((((........(((((...)))))..)))).)))).....((((..((..((((((((.(((........)))))....))..))))..))..)))).((((((...((((.((((((((((((.(.((((.((((((((((((.(((..((((..((((.........))))..))))))).)))))....((((((((((.....)))..)))))))(((..(((..((.........))..)))))).((((......)))).((((....))))..)))).)))..)))).).)))).))))).))).)))))))))).........)))))))))).).)).))))).))))))))))))))))..))))))))))..)))))).)))))))))))))..)))..)))))..(((((..........))))).)))))).)...))))))).((((.(.((((...((((.(((...((((((..((((........))))(((((.......))))).........)))...((((((...)))))))))...))).))))...))))).))))...))))))..)))))))))....(((((((............(((((((((...((((.(.(((((((((((((((((.(........)))))))))((((.(((.(((.(((((.(((..(((((((.(((....))).)))))....(((.(((....))))))))..)))..))))).)))..))).)))).......((((((((((..(((.(.(.((.......)).).)))).))))))..)))).((((((((.((((((........((((....))))(((((((.(((((................)))))..)))))))....((((((((((.....)))))).)))).....))))))...)))...)))))((((......)))).......))))))))).).))))..(((((((..(((((((..((...((((......))))...)).)))))))..)))))))....(((((.........)))))((((.(.....))))).((..(((...)))..)))).)))))))..(((((.....))))).........))))))))))).)))))))))).))).(((((..(((.((((((((.(((.(((((.....(((((...((....(((((((((.....((.((((((.(((...(((((..((((((..........)))))).....))))).(((((..((.(((....))).)).)))))..))).)))))).)).(((......)))....))))))))).))...)))))...))))))))...))))))))..)))...)))))))))....))))))..)))).))))..)))))..........))))............)))))))))))).)))))))))).)))))..(((((((((.........)))))))))))))).)))))..))))))))))....................(((((((((((....(((...)))......)))))))))))....))))).))))..))))))).........)))))))))).)).)))))).))))))))))).............))))..))((((((((....((((......))))...))))))))......)))))..(((.((((.((((((((((.(((((...........(((......))).((((((...........((((.......))))...........))))))......................((((((((((....))))))))))...((((((((...................))))))))......(((((((.((...........((((((....)))))).....((((..(((((.......))))).)))).(((.......))))).))))))).....((((((.....))))))..............))))).)))))))))).))))))))))))))))))..))))))))))))))).)))).....)))..))).))))))))))))(((((((.....(((..((((....)))).)))))))))).(((((........)))))..........))))))))).....(((((((((((((((((.......)))))))....))).))))))).......((((((..((((.......))))..))))))(((((((......((((.....))))))))))).(((((......)))))((((.(((...))))))).)))))))..))))........))))))))))).......)))..))))))....))))))))).(((((....))))).((((((((((.((.((((((..................)))))))).)))).))))))...........(((((((((...(((.((((((..((((((((..((((..((....))..))))..)))))))).)))))).))).)))))))))........)))))))..)))))).))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((.{((,.(((((((((((((..(((((((,,((((.......))))..)))))))(((((((((.((((((((,..(((..(((((((((((......((((((((...{.(((.(((......))).))).}...)))))))){{.((((((((((.{.{((({,((((......}}})..}}))),).}.)))))))...))).})....)))))))))).)))))))))),,.)})...)))))))))..)))))))....)))))))}),(((((((.((..((((((({((((....}})}}...((((((((.{{....}}...)))))))}..(((((((((({{{,.,,......,|{(((.(((((((...((((((.(((((.....))))).,.(((((((((((.((((......((((((......(((..{((((.{(......}}.))))}..)))))))))((((((.(((((....)))))..)))).)).,..((((((.,..,,{{,,....))),..,))))))..,}{{{,...}))})))).))))))))}}))(((.((((...)))).))).....))))))...}))....(((((((...((((........))))...))))))).....)))).)))))).))))).))))))))))))..)).))))))).....((((((......)))))).....))))))))((((((((...(((((((((({(...|||||{,(((((((((....((((((..((((((((((((((.{({((((((({..(((((((((((.(((((..{(((({(....)}.)))},.((((((((({{{{{{{...,|||}..(((((..,....((((((({...((((((|....})).))))...})))))))....},.,..}}}.{{{(({(.,,.{{,.,}))).}}.,)))....})))))))).((........))..(((((.....))))).{{{....)))......,.)))))))))))).)))).(((((((((....{(((((.(((((.,((((((((((((,,..,...{{....}}.,})..}}))))))}..}|||}.|||,,||},.|{(,(((({({{{,,(,....,|,.||,,|||||,..,..},,}}},,}|||||}}|}}}}}}}}}}}((((((((((,(({{,{((.((((...)))),,,,,..((((({|,...,).}}))).}}},))))}.||,,||,}|..,|.{|{,..,||{{{{|{{{{{|{||{{{{{..{{|...,,,,|,,||{{{,{,(((((..({........}}..))}}},.|,||{{{..((.(({.((((((((((((((((((((........)))))).))).,((((((((((((......{,({{....((((((((((...}}))....))))))....{{.((({{,,.{{{(,{{{..,,,}|,||}|||...||||}.}}.......{((((((({.(((....(((((((......))))))).....((((((((..(((((((,,.....((({...})))..},..})))).))....))))))))...|)}..}))))))}},,.,)}),)..|})))))))))))),,......((((({{.....)).)))))......)))))))))))..})}.}}..||||}{..{{{{{(((........{||.,,|||{{|,{|,,{{{|.|{{||||,|,..||},,,.((((((........))))))...,,,,,((((((.....))))))(((((((..((((.(((((.((((..((.....}}.,,)))).(((((..(((((((.(((.(((..............................)))))).))))))).)))))..(((((.((((((.....(((((...,}})),}}..)))))).(((((..(((((((((((((((,,,{{(((({,...,((((.((.((((((.(((.{......,.))).).))))))).))}|{{,,{(({(((({{{{||||||||..|||((((((((((.,(((((({{,,{(((({{.(,...,,||}}}|||{((({...((((((.....))))))...}},,..{(((((((((.{{.((((.((.{({((,({((((,{({.,...{(((({,{({{(((,(((((,,{.,,|||{{.(((((((.((((((((....(.(((........)))))))))))).)))))))..}}}||,.(((({.{{,,,,,.,|},|||||.|||(((((..(({((.,,...)))))..)}.}}}.((((((......)))))),|||,.||}}..})})})),,,))))}},,....((((.(((((((.(.(((((.((((((...,,.....,.{{{,....{||||....{|||||{(......))).)))}}.{{(((((((((,(((.((((((((...((((....{({,{{,,..,{.,|{||||,{,{,{,({{,..{((({.....|,,.,....,}}}..,,}))||})}|,|.}}}}}|,{}}...,,),))...,,.)))})))))))).))),.))))))..)))))))))))))))).)))))))).)))).((((({..{{.{{(((....))))),)).,))))))}},|||{((,{,,,{,{||}..{{{|,||||.||,....}}...|||}}}}}||||||},.,}))}},)))))))}}}}..,|{|{|{((,,.((((((((......|||||||||......,}}}....,.,,})).,,,))))}))}....,,.}))}.)})))...)).))))}})))))))))|(((,({({({((({{.((,{{(((((((((({{{{.....(((((((.(.((((((........{((((...{(((((((((((((((((.((((((((((({({.........,,}}},.(((((((......))))).)).....,,||}}})),))))))).|||,,((((((..((((((((((,,,.,,,,{(,,,.{,|..{{(({...||(((((.....))))}....(((,...,))||{{{|||,||....,,,.||||||,..,)))))})}.......,(((((,(({{{{{||||}||||{{{{.(({({(({((...(((((((((((....}}}....)))))))).))}})}}}....{(((((((((((.(,((((,..,.(({(({,{,..{(((({.,..{{.{(((,....}|,,|...{(((....,,,||||,|,.......,,||||,||...,|||}|.(((((.(((((({.((,.,.,,({(((((,((((((((((,,,,({((..((((((......}}||||,.,|||}}}}}}..,)))}),)))),...((((((((.((((((.....(((((((((({{{.(((({{..(((((....))))).}}.)))).,..,{{{{{.......})}))))))))..{{,,.||||..,|{||||.......(((((({.{.....(((((((..,{..((.((.((.,...............}}.)).))...,,.))))))}....(((({({.....,.,{,.,.,,,(((((........))))}.......{{.....))..,}},..{{.{|||,,,,}}}}.)),))))||...,..))}}}}...,,,...)))))..)))))).))))))))(((((.{((((.((..(((..((((((({{...((((((((....,}))))))}........(((((......))))){{(((,.{{{{((....,{{....(({{{{.{,...,,{{{({(({,,{{{{.,{{.,,|||,..}.),},..)))}......(((.((...(((((..(((..(((((....)))))..)))..))))).)).)))........,{{..|{{||{,.,}},,...,},)))}}))))|,...}),})))).....}),...))),}).}})).....}}}}}|,((((((((............(((.....))).....,...|,.}))))))),|||}}....,,)))))))))..)))..))))))},|)})))}||}.,{,,,{||{...,,}))))|||....,,}}}.))))))).))))).....{{{.{.{((((((.(((....((((((({,.(((((((((((......((((((({,,.((((.((...))))))((((((((((({({(((({...{{,,,....||})}}}}}}}|||{.,|||,.((,,,,,}|}}..)))))))},.|{{|{(((.{{{,((({{,...,))),))}.))))...)))),}{.(((((....(((((((.(((...((((({(((((,((((({((((((....,,,.||||||...}}}}}),,,))}))}||}.|,,}}}}}...,,,.....}.}....{{{,...{{|||,...,{||||||.,,,.,}}}}},))))))....))).)))))))...))))).}..,|||||.,...{{|||,|((((......{{{....|}}......})))),|||}}.,.,)))),.,,.,)))))))))))))))}})))..},))))))).....))).),})))))}|||((((((........)))))))}))))}}|,(({...))))),}..))))))))))))}}}}}}.,|.......((((....))))||,||||||},....(((((((((((((....|||((((((,....((((((((({{{((((,....,}}}}}}(({{{..,.{{{....}}),,,.))})}.((((....(((((..((((...(({....}}}}))))..)))))....|.}))).,.((({((((({....,}))}}))))})))))))))((((.............))))..)))))))))}})){{...,(((((....})))).,.)).)))))))))........(((((({(........(((({...}))))..)))),})))...,.((((..|,..(((({{|{.(((........))),}..,,}}|.,)))..,,..)))).{{{{{{...|,{{.|||||||||{{|,|.{|||,|||||{|||{{{.{{,..((((..{{{|,|,....,,)))),,)))),}}.)))))....{{|||||||||...,))).,)}}))))(({..{{{..||..,,,..,.}).,))}})),|{{{,,....}))}.((((....)))),.)))).)}}.,|))).}.}))},))))).))),)}}})))))),,,,,....}}||||}}||,|.}},))))),)}))}}}},}})))))..}}))))}}}}..}))))).}))))))))))))..}}}..))))),,(((((.....,.,..))))).)))))).)...))))))).,{{(,(,((((,,,((({.(((,,,{(((((,{((((........))))(,,(({{,,,.,|}||,,,,,.|,..||}...{(((((...)))))))))...})).)))),,,}}))}.}},....||||||.,|||||}}}},...{((({{{.,{||,,,,,,,{((({{(((..,{{{,.{.{{{{{{{{{{{{{{{{||,,|,}.,,.}}}})))}}||||,|||}|||},||{{}||,,.{{(((((.(((....))).)))))....,{..|{|}}}})))))))...},}}}))),,.)))},))).}}},.,,....((((((((((..(((.{.(.({.......}).),)))).))))))..)))).,{((((((((((((,{{......{(((,,..||},(((((((.(((((................)))))..)))))))..}}|,}}))}}},.,...||))))}))))))}})))})}),,},))}.}))}}}{|||,.....)))}......,)}))))))),),))))..(((((((..(((((((..({...((((......))))...)).)))))))..)))))))..,,||||{,,......,))))|((((,,..,..|||||.,{..(({,,,|}|..|.||.|||||||..(((((.....))))).,.))).)))),))))}}}},}}}}))}}}}.||||(({((,,({,.((((((((.(((.(((((...{.(((((...((....(((((((((.....((.((((((.(((..,(((,{..||||,,...,,|||,,|},}},..,,}))}}|.(((((..((.(((....))).)).)))))..))).)))))).)).(((......)))....))))))))).))...))))),,.))))})))...))))))))..,}|,..}}}}}.}},.,..}}}}}}.,)))).)))),,,})))...,,.,|,}}}}}},.,.......})))))))))))),})))}))),,.}}})},|{{((((({{.........))))))}})))))).)))))..))))))))))...,................{((((((((((.{{,({....))),.....)))))))))))....))))).))))..))))))).....,...}))))}}))}.)).))))}|,||||||||||}....,,,,,,,..{|||.,||((((((((....((((......))))...))))))))....,,|,||}.|(({.((((.((((((((((.(((((.,,,,,.,,..,{,.,,...}}).((((((...........((((.......))))...........))))))......................((((((((((....))))))))))...((((((({.,|,|||,....,,.....}))))))|......(((((((.((...........{(((({....})))}}.....((((..(((((.......))))).)))).{{|,......}}})).)))))))......|||||}},..,,,||||....},}}.....))))).)))))))))).))))})))))})))}},,..}}}}}}})))))))).}})),}..})))),)}).,}))))))))))((((((({....{({..((((....}))).)))))))))).(((((........))))).......,..))))))))).....(((((((((((((((((.......)))))))....)))|})))))}..,,,,,({((((..((((...,,..}}}}..}})}))|{{{{{{......{(((.....))))}})))}}.{{|{,......}}}}},||,,|,,......,})}})))),}},..,,,........))))))))))).......)))..))))))....))))))))).{|||{...,))}},.((((((((((.{{.((((((.,{,............}}))))))}}.)))).))))))...........(((((((((...(((.((((((..((((((((..((((..((....))..))))..)))))))).)))))).))).))))))))).....,},)))))))..)))))).))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001375422.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7981 nt 0.4533
NM_001375423.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7645 nt 0.4334
NM_001375424.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7611 nt 0.4403
NM_001375425.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7360 nt 0.4338
NM_001375426.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7524 nt 0.4397
NM_001375427.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7413 nt 0.4407
NM_001378778.1 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7821 nt 0.4411
NM_003829.5 NCBI
AGCCUGGGCCCCGCCACCGCCUCCGCGGCAGCCCCGGUCGGCGCAAGUG… 7734 nt 0.4405
Showing 11 to 18 of 18 entries
Summary

The protein encoded by this gene has multiple PDZ domains, which are hallmarks of protein-protein interactions. The encoded protein is known to interact with the HTR2C receptor and may cause it to clump at the cell surface. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the MPDZ transcript, a scaffolding protein associated with cancer, increased in relative abundance within 0.5 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].