Basic Information

Symbol
MRFAP1
RNA class
mRNA
Alias
Morf4 Family Associated Protein 1 PAM14 PGR1 Protein Associated With MRG Of 14 KDa MORF4 Family-Associated Protein 1 Mof4 Family Associated Protein 1 T-Cell Activation Protein Protein PGR1
Location (GRCh38)
4:6640091-6642729
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033296.3
Sequence length
1574.0 nt
GC content
0.4835

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-498.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -531.32 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 507.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001272053.2 NCBI
AUUUUGUUCGCCGUUACUCUGCGCACAUCGCUAUUGCGGUUCCGAGGCA… 1455 nt 0.4873
NM_033296.3 NCBI
AUUUUGUUCGCCGUUACUCUGCGCGUAAGUCGCUUGUCCGUGGCUUCUC… 1574 nt 0.4835
Summary

This gene encodes an intracellular protein that interacts with members of the MORF4/MRG (mortality factor on chromosome 4/MORF4 related gene) family and the tumor suppressor Rb (retinoblastoma protein.) The protein may play a role in senescence, cell growth and immortalization. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2013]

Forensic Context

A study in human blood samples demonstrated that the MRFAP1 was incorporated as one of nine reference genes in the initial primer design for a targeted massively parallel sequencing assay aimed at forensic age estimation, and it was included in the final validated primer pool of seven reference genes due to its stable expression in blood across the age range of 23 to 73 years [Hänggi et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103282]. The final age prediction model, utilizing elastic net regression on dSVA-normalized data from this assay, achieved a mean absolute error of 9.29 years.