Basic Information
Symbol
AQP9
RNA class
mRNA
Alias
Aquaporin 9
SSC1
HsT17287
Small Solute Channel 1
Aquaglyceroporin-9
Aquaporin-9
AQP-9
T17287
Location (GRCh38)
15:58138169-58185914
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
Cause of death analysis
MANE select
Transcript ID
NM_020980.5
Sequence length
2849.0 nt
GC content
0.4356
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-801.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-857.52 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
758.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CCACCAGAAGACGAUUAAGCCACAGCCUCUAAUUGGAACGGCAUUUGUA… | 2631 nt | 0.4265 | |
| AAAAUCUUUUCUGGACCAGGGCCCGUCACUGUGAUUUGGCAACACAACU… | 2666 nt | 0.4295 | |
| CCACCAGAAGACGAUUAAGCCACAGCCUCUAAUUGGAACGGCAUUUGUA… | 2849 nt | 0.4356 |
Summary
The aquaporins are a family of water-selective membrane channels. This gene encodes a member of a subset of aquaporins called the aquaglyceroporins. This protein allows passage of a broad range of noncharged solutes and also stimulates urea transport and osmotic water permeability. This protein may also facilitate the uptake of glycerol in hepatic tissue . The encoded protein may also play a role in specialized leukocyte functions such as immunological response and bactericidal activity. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2016]
Forensic Context
A study in mice and human forensic autopsy cases demonstrated that intrapulmonary expression of the AQP9 was significantly suppressed specifically in freshwater drowning compared to saltwater drowning, postmortem immersion, and other causes of death, providing a basis for differential diagnosis [Hayashi et al. DOI:10.1007/S00414-008-0235-5]. In a separate human study evaluating mRNA markers for blood identification, the AQP9 showed cross-reactivity with vaginal secretion and low expression in saliva, leading to its exclusion from the final validated multiplex assay due to insufficient specificity [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2010.09.006].