Basic Information

Symbol
MS4A1
RNA class
mRNA
Alias
Membrane Spanning 4-Domains A1 Bp35 FMC7 CD20 B1 Membrane-Spanning 4-Domains, Subfamily A, Member 1 Leukocyte Surface Antigen Leu-16 B-Lymphocyte Antigen CD20 CD20 Antigen Membrane-Spanning 4-Domains Subfamily A Member 1 B-Lymphocyte Cell-Surface Antigen B1 B-Lymphocyte Surface Antigen B1 CD20 Receptor LEU-16 CVID5 S7
Location (GRCh38)
11:60455752-60470752
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152866.3
Sequence length
3556.0 nt
GC content
0.3780

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-861.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -934.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 791.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_021950.4 NCBI
ACUCACCCUCCCAGUGUGCUUGAGAAACAAACUGCACCCACUGAACUCC… 3293 nt 0.3759
NM_152866.3 NCBI
ACUCACCCUCCCAGUGUGCUUGAGAAACAAACUGCACCCACUGAACUCC… 3556 nt 0.3780
NM_152867.2 NCBI
ACUCACCCUCCCAGUGUGCUUGAGAAACAAACUGCACCCACUGAACUCC… 3467 nt 0.3787
Summary

This gene encodes a member of the membrane-spanning 4A gene family. Members of this nascent protein family are characterized by common structural features and similar intron/exon splice boundaries and display unique expression patterns among hematopoietic cells and nonlymphoid tissues. This gene encodes a B-lymphocyte surface molecule which plays a role in the development and differentiation of B-cells into plasma cells. This family member is localized to 11q12, among a cluster of family members. Alternative splicing of this gene results in two transcript variants which encode the same protein. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for MS4A1 Gene

Forensic Context

A study in humans analyzing peripheral blood from elderly hip fracture patients identified MS4A1 as a biomarker for B cell identification and was used to define B cell clusters in single-cell RNA sequencing analyses [Lu et al. DOI:10.1186/s12979-023-00380-6]. A review of single-cell sequencing studies in mouse models of myocardial infarction identified the MS4A1 as a characteristic marker for B-cell populations, specifically defining the B-cell-Cd20 cluster within the heterogeneous cardiac immune landscape following injury [Xinxin Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].