Basic Information
Symbol
MS4A12
RNA class
mRNA
Alias
Membrane Spanning 4-Domains A12
Ms4a10
Membrane-Spanning 4-Domains Subfamily A Member 12
FLJ20217
Membrane-Spanning 4-Domains, Subfamily A, Member 12
Location (GRCh38)
11:60492722-60507535
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
MANE select
Transcript ID
NM_017716.3
Sequence length
1167.0 nt
GC content
0.4250
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-302.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-324.79 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
342.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| ACACAGGUUGGAGCAGAGAAAGAGGAAACAUAGAGGUGCCAAAGGAACA… | 1029 nt | 0.4286 | |
| ACACAGGUUGGAGCAGAGAAAGAGGAAACAUAGAGGUGCCAAAGGAACA… | 1167 nt | 0.4250 |
Summary
The protein encoded by this gene is a cell surface protein found primarily in the apical membrane of colonocytes. Silencing of this gene in colon cancer cells inhibits the proliferation, cell motility, and chemotactic invasion of cells. This gene is part of a cluster of similar genes found on chromosome 11. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2009]
Forensic Context
A study in humans designed the mRNA marker MS4A12 for rectal mucosa identification but found it to be less effective than the alternative marker MUC12 and therefore did not integrate it into the final validated multiplex assay [Bamberg et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2021.102542].