Basic Information

Symbol
MS4A7
RNA class
mRNA
Alias
Membrane Spanning 4-Domains A7 CD20L4 CFFM4 MS4A8 Membrane-Spanning 4-Domains Subfamily A Member 7 Four-Span Transmembrane Protein 2 CD20 Antigen-Like 4 4SPAN2 High Affinity Immunoglobulin Epsilon Receptor Beta Subunit Membrane-Spanning 4-Domains, Subfamily A, Member 7 CD20/Fc-Epsilon-RI-Beta Family Member 4 CD20/FC-Epsilon-RI-Beta Family Member 4
Location (GRCh38)
11:60378482-60395951
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021201.5
Sequence length
2956.0 nt
GC content
0.3938

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-769.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -829.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 668.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_021201.5 NCBI
AAGUCUCAGAGGCUGGAGAGCAGAGCACCAAGAUCGUUCUGGCAGGAAC… 2956 nt 0.3938
NM_206938.2 NCBI
AAGUCUCAGAGGCUGGAGAGCAGAGCACCAAGAUCGUUCUGGCAGGAAC… 2821 nt 0.3892
NM_206939.2 NCBI
AAGUCUCAGAGGCUGGAGAGCAGAGCACCAAGAUCGUUCUGGCAGGAAC… 2908 nt 0.3900
NM_206940.2 NCBI
AAGUCUCAGAGGCUGGAGAGCAGAGCACCAAGAUCGUUCUGGCAGGAAC… 2773 nt 0.3851
Summary

This gene encodes a member of the membrane-spanning 4A gene family, members of which are characterized by common structural features and similar intron/exon splice boundaries and display unique expression patterns in hematopoietic cells and nonlymphoid tissues. This family member is associated with mature cellular function in the monocytic lineage, and it may be a component of a receptor complex involved in signal transduction. This gene is localized to 11q12, in a cluster of other family members. At least four alternatively spliced transcript variants encoding two distinct isoforms have been observed. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples demonstrated that the MS4A7 was identified as a protein coding gene with a negative coefficient in a post-mortem interval (PMI) prediction model, indicating its down-regulated expression pattern after death contributed to PMI estimation [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].