Basic Information

Symbol
MSH2
RNA class
mRNA
Alias
MutS Homolog 2 DNA Mismatch Repair Protein Msh2 HNPCC1 HNPCC MSH-2 COCA1 HMSH2 MutS (E. Coli) Homolog 2 (Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1) MutS Homolog 2, Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1 (E. Coli) MutS Homolog 2, Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1 DNA Mismatch Repair Protein Msh2 Transcript MutS Protein Homolog 2 MutS-Like 2 LYNCH1 MMRCS2 LCFS2 FCC1
Location (GRCh38)
2:47403067-47663146
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000251.3
Sequence length
3115.0 nt
GC content
0.4026

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-845.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -905.86 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1038.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000251.3 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3115 nt 0.4026
NM_001258281.1 NCBI
AAGCUGAUUGGGUGUGGUCGCCGUGGCCGGACGCCGCUCGGGGGACGUG… 3042 nt 0.3922
NM_001406631.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3210 nt 0.4318
NM_001406632.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3284 nt 0.4342
NM_001406633.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3134 nt 0.4340
NM_001406634.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 5693 nt 0.4655
NM_001406635.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3051 nt 0.4340
NM_001406636.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3018 nt 0.4337
NM_001406637.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 4436 nt 0.4364
NM_001406638.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 10637 nt 0.4729
Showing 1 to 10 of 38 entries
Summary

This locus is frequently mutated in hereditary nonpolyposis colon cancer (HNPCC). When cloned, it was discovered to be a human homolog of the E. coli mismatch repair gene mutS, consistent with the characteristic alterations in microsatellite sequences (RER+ phenotype) found in HNPCC. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2012] CIViC Summary for MSH2 Gene

Forensic Context

A study in humans using integrated bulk and single-cell RNA sequencing identified MSH2 as a diagnostic biomarker for sepsis, with its expression significantly lower in sepsis samples compared to controls in both training and validation datasets [Ye et al. DOI:10.1002/gch2.202400321].