Basic Information

Symbol
MSH2
RNA class
mRNA
Alias
MutS Homolog 2 DNA Mismatch Repair Protein Msh2 HNPCC1 HNPCC MSH-2 COCA1 HMSH2 MutS (E. Coli) Homolog 2 (Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1) MutS Homolog 2, Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1 (E. Coli) MutS Homolog 2, Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1 DNA Mismatch Repair Protein Msh2 Transcript MutS Protein Homolog 2 MutS-Like 2 LYNCH1 MMRCS2 LCFS2 FCC1
Location (GRCh38)
2:47403067-47663146
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000251.3
Sequence length
3115.0 nt
GC content
0.4026

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-845.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -905.86 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1038.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001406639.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3191 nt 0.4312
NM_001406640.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3032 nt 0.4334
NM_001406641.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 10598 nt 0.4735
NM_001406642.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 2909 nt 0.4270
NM_001406643.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3626 nt 0.4269
NM_001406644.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 5585 nt 0.4621
NM_001406645.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 10404 nt 0.4764
NM_001406646.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 4488 nt 0.4561
NM_001406647.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3065 nt 0.4339
NM_001406648.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 2858 nt 0.4146
Showing 11 to 20 of 38 entries
Summary

This locus is frequently mutated in hereditary nonpolyposis colon cancer (HNPCC). When cloned, it was discovered to be a human homolog of the E. coli mismatch repair gene mutS, consistent with the characteristic alterations in microsatellite sequences (RER+ phenotype) found in HNPCC. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2012] CIViC Summary for MSH2 Gene

Forensic Context

A study in humans using integrated bulk and single-cell RNA sequencing identified MSH2 as a diagnostic biomarker for sepsis, with its expression significantly lower in sepsis samples compared to controls in both training and validation datasets [Ye et al. DOI:10.1002/gch2.202400321].