Basic Information

Symbol
MSH2
RNA class
mRNA
Alias
MutS Homolog 2 DNA Mismatch Repair Protein Msh2 HNPCC1 HNPCC MSH-2 COCA1 HMSH2 MutS (E. Coli) Homolog 2 (Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1) MutS Homolog 2, Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1 (E. Coli) MutS Homolog 2, Colon Cancer, Nonpolyposis Type 1 DNA Mismatch Repair Protein Msh2 Transcript MutS Protein Homolog 2 MutS-Like 2 LYNCH1 MMRCS2 LCFS2 FCC1
Location (GRCh38)
2:47403067-47663146
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000251.3
Sequence length
3115.0 nt
GC content
0.4026

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-845.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -905.86 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1038.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001406649.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 10448 nt 0.4747
NM_001406650.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 2965 nt 0.4034
NM_001406651.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 5435 nt 0.4642
NM_001406652.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 10254 nt 0.4777
NM_001406653.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 4160 nt 0.4005
NM_001406654.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 10324 nt 0.4773
NM_001406655.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 2660 nt 0.4023
NM_001406656.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 10502 nt 0.4772
NM_001406657.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 2562 nt 0.4063
NM_001406658.1 NCBI
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGC… 3077 nt 0.4082
Showing 21 to 30 of 38 entries
Summary

This locus is frequently mutated in hereditary nonpolyposis colon cancer (HNPCC). When cloned, it was discovered to be a human homolog of the E. coli mismatch repair gene mutS, consistent with the characteristic alterations in microsatellite sequences (RER+ phenotype) found in HNPCC. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2012] CIViC Summary for MSH2 Gene

Forensic Context

A study in humans using integrated bulk and single-cell RNA sequencing identified MSH2 as a diagnostic biomarker for sepsis, with its expression significantly lower in sepsis samples compared to controls in both training and validation datasets [Ye et al. DOI:10.1002/gch2.202400321].