Basic Information
Symbol
MSLN
RNA class
mRNA
Alias
Mesothelin
MPF
Pre-Pro-Megakaryocyte-Potentiating Factor
CAK1 Antigen
CAK1
Soluble MPF Mesothelin Related Protein
Megakaryocyte Potentiating Factor
SMRP
Location (GRCh38)
16:760734-768866
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
MANE select
Transcript ID
NM_005823.6
Sequence length
2197.0 nt
GC content
0.6527
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-996.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1028.86 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
447.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GUCAUUUGUUCCCUUUGACGGCCCGGGAGGCUGCCAGGCUCUCCACCCC… | 2137 nt | 0.6514 | |
| GUCAUUUGUUCCCUUUGACGGCCCGGGAGGCUGCCAGGCUCUCCACCCC… | 2197 nt | 0.6527 | |
| CGCCACGCACUCCUCUUUCUGCCUGGCCGGCCACUCCCGUCUGCUGUGA… | 2154 nt | 0.6504 |
Summary
This gene encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate two protein products, megakaryocyte potentiating factor and mesothelin. Megakaryocyte potentiating factor functions as a cytokine that can stimulate colony formation of bone marrow megakaryocytes. Mesothelin is a glycosylphosphatidylinositol-anchored cell-surface protein that may function as a cell adhesion protein. This protein is overexpressed in epithelial mesotheliomas, ovarian cancers and in specific squamous cell carcinomas. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes an isoform that is proteolytically processed. [provided by RefSeq, Feb 2016]
Forensic Context
A study in humans validated the MSLN as a novel vaginal secretion-specific mRNA marker through genome-wide profiling and qRT-PCR [Park et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2012.09.001], though it exhibited large sample-to-sample variation and lower sensitivity compared to other markers in the multiplex assay.