Basic Information

Symbol
MSR1
RNA class
mRNA
Alias
Macrophage Scavenger Receptor 1 SCARA1 SR-AIII SR-AII CD204 SR-AI SR-A Macrophage Scavenger Receptor Types I And II Macrophage Acetylated LDL Receptor I And II Scavenger Receptor Class A Member 1 Macrophage Scavenger Receptor Type III CD204 Antigen PhSR1 PhSR2 SRA
Location (GRCh38)
8:16107878-16567490
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_138715.3
Sequence length
3618.0 nt
GC content
0.3715

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-967.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1043.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1068.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001363744.1 NCBI
ACUCUGCUGUUGAGACGUUGGGGAGAUGAGGAGGAAUACCCAGAAAUAA… 3678 nt 0.3733
NM_002445.4 NCBI
AAUUGUAAAGAGAGAGAAGUGGAUAAAUCAGUGCUGCUUUCUUUAGGAC… 2820 nt 0.3887
NM_138715.3 NCBI
AAUUGUAAAGAGAGAGAAGUGGAUAAAUCAGUGCUGCUUUCUUUAGGAC… 3618 nt 0.3715
NM_138716.3 NCBI
AAUUGUAAAGAGAGAGAAGUGGAUAAAUCAGUGCUGCUUUCUUUAGGAC… 3429 nt 0.3599
Summary

This gene encodes the class A macrophage scavenger receptors, which include three different types (1, 2, 3) generated by alternative splicing of this gene. These receptors or isoforms are macrophage-specific trimeric integral membrane glycoproteins and have been implicated in many macrophage-associated physiological and pathological processes including atherosclerosis, Alzheimer's disease, and host defense. The isoforms type 1 and type 2 are functional receptors and are able to mediate the endocytosis of modified low density lipoproteins (LDLs). The isoform type 3 does not internalize modified LDL (acetyl-LDL) despite having the domain shown to mediate this function in the types 1 and 2 isoforms. It has an altered intracellular processing and is trapped within the endoplasmic reticulum, making it unable to perform endocytosis. The isoform type 3 can inhibit the function of isoforms type 1 and type 2 when co-expressed, indicating a dominant negative effect and suggesting a mechanism for regulation of scavenger receptor activity in macrophages. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A review of long non-coding RNAs (lncRNAs) in mammals and other eukaryotes, including human, mouse, Drosophila species, and yeast, synthesized findings from numerous studies, noting that one of the first characterized lncRNAs, the MSR1, was later found to have a dual function as it also encodes a protein that acts antagonistically to the function of the ncRNA [Mercer et al. DOI:10.1038/nrg2521]. A study in rats demonstrated that the MSR1 gene (Msr1) was significantly upregulated with a fold change greater than 4 at 1, 4, and 7 days following a contusive spinal cord injury, as identified through RNA sequencing screening [Li et al. DOI:10.4103/1673-5374.255994].