Basic Information

Symbol
MUC22
RNA class
mRNA
Alias
Mucin 22 PBMUCL1 Panbronchiolitis-Related Mucin-Like Protein 1 Mucin-22 Panbronchiolitis Related Mucin-Like 1 G4
Location (GRCh38)
6:31010474-31035402
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001395414.1
Sequence length
6019.0 nt
GC content
0.5390

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1833.17 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1936.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1553.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198815.1 NCBI
ACAAAAACUAGCUGGCGUGGUGGCAGGCACCUGUAGUCCCAGCUACGUG… 6005 nt 0.5394
NM_001318484.1 NCBI
ACAAAAACUAGCUGGCGUGGUGGCAGGCACCUGUAGUCCCAGCUACGUG… 5970 nt 0.5405
NM_001395414.1 NCBI
AAAAAAGAAGAAAAAUAAGAAGCCAAACUGUGGAGCAAUUUGGGGGCUC… 6019 nt 0.5390
Summary

Predicted to be located in membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that MUC22 is a promising mRNA biomarker for vaginal mucosa identification, covering seven coding region SNPs (cSNPs) within the BFID-cSNP-6F assay [Johannessen et al. DOI:10.3390/genes14030636]. Targeted RNA sequencing using the BFID-cSNP-6F assay on the Ion Torrent S5 platform confirmed the specificity of the MUC22 for vaginal secretions, with single-source samples showing 99-100% target reads, and it contains cSNPs such as rs3869098 and rs4248153 for donor association [Hanson et al. DOI:10.1007/s00414-022-02908-9].