Basic Information

Symbol
MUC7
RNA class
mRNA
Alias
Mucin 7, Secreted MG2 Mucin 7, Salivary Salivary Mucin-7 Mucin MG2 FLJ27047 Mucin-7 Apo-MG2 MUC-7
Location (GRCh38)
4:70430492-70482997
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152291.3
Sequence length
2363.0 nt
GC content
0.4088

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-441.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -488.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((...................((((((((((((((.(((...(((((((((((......(((((.((((((((...(((((.(((.((((((((..(((........)))....)))...)))).).)))))))).))))).))).))))).)))))((((((((.(((...(((((.(((..((.(......).)).))).))).)).......((((......)))).................(((((.((((...((........))...))))..))))).......((((((((....).)))))))......))).)))))))).............................................)))))).........(((((((((((............(((((((((.............(((((.......)).)))............................(((((((((((((....((((((.......))).)))....))))))).))...))))........))))))))).....................((((....((((......(((((.........((.....)).........)))))......))))....))))........))))))).))))...........(((.((((((((((...((((((((((..((.(((((((.....)))....((((((...........................(((((......(((.....((((.....(((......(((((.........((.....)).........)))))......))).....)))).....)))......)))))..............((((.........))))............(((((((......(((((...(((((.........((.....)).........))))).....)))))....))))......)))....))))))................(((((((..............((((.((((.............)))).))))...........((((........))))....................................(((...)))................((((.((((.......))))))))........))))))))))).)).))))))))))..........)))).))))))))).((((((.((((((...((......)).))))))))))))......))).))))))))..)))))).....(((((((.(((((...(((((.((((.............)))).))))).............................((((.(((((((((((((((((...((.(((..(((((.(((((((((((.......))))))))))).............((((((((.......))))))))....(((..(((.((((..(((((...((((((((((((.....((((...))))....(((((..........)))))..........................(((((((((.........(((((((......(((....)))(((((........))))).(((((...((((((((........))))))))...)))))........((((((((.......))))))))..)))))))((((....))))..((((((((((..((((((.((((...................)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))((((((((...((((((((..(((.((((........((((((.......))))))........))))....)))..)))))))))))))))))))).)))))...)))))))..))).....)))))..))).)).(((((((((.(((((.....(((((.((((((((((((((...((((..............................))))...))))))))).(((.....))).(((((....)))))..((((((((.......)))))))).........)))))))))).....))....)))...)))))))))...(((((((............((((((((.(((((...))))).))))))))............))))))).......))))))..)))))))))))..))))............(..((((.((((((......)))))).))))..).....)))))..)))))))...)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,((((((.((((((..(((((...))))))))))).))))))}.....((((((......((((((((((((.......(((((((({((,(((((.....(({{{{.....,,((.(((((,{((({{{..,{({{(((((.(((((...((((((.{(......)}.)))))).{(((...(((.....((((((((.((.................{{{{......,})).....{{{........|||(((((((({{,....|,|}}.,|,..,|||.,||,,}.......(((((((,....}.)))))))....,,,......,,....................................,,,....,........,,,......,}}}})}((((({{...,,,...,,))))))}}..........)).)))))))).......)))...))).......................{((((((((((((....((((((.......))).)))....))))))).))},.)},.(((((....).)))).....))))))))))........,||,.}}}}|,|....}}))),)}.......,{{..,,.{{{{{{,,{,.||({{......{||,....||{{.....,||,....,||||}.........,,.....{{,,,,,,,...}||{,,,,,,|,,,,.,{||||,....,))}....,|||||................,|.........||(({......({{...,,((((.....{({,.....(((((.........,,.....}}.........))))}......}}}.....}}}}.....,))}....{|||||,.............{{{{.........,}},..........,.,.,,||{......|{{{{...{((((.........,,.....}}.........))))}.....))))}....}}||......))}.,..,)))))................{{{{{,,..............((((.((((.............)))).))))...........((((........))))..................................,,|,,.,))).................(({{(((((.......))))))))........}))},,,,))).)).))))))))))....,,....)))).))))))}})})}....})))))....)))))..))).)).)))))).........)))))))))))...)))))).....(((((((.{{{{,...(((((.((((...,{....}}.,)))).)))))..................|........,,((((.(((((((((((((((((....((((((....))}}||((((((((.......|}))))})}..|||||{{,,....((((((((.......)))))))).....,.{,(((...{{.((((,.......}|||,||,|}}}}.{{{{{{{{{{{{,,.{((({..........})))}......,,,..........,},....(((((((((........,((((({{.....,(((....)))|((((........))))}.(((((...((((((((........))))))))...)))))........((((((((.......))))))))..})))))){(({....}))}..((((((((((..({((((.{(((........,......,...,})})))))).))))))))))))))))))),}}}||,,((((((((...((((((((..(((.{((,{{{.....((((((.......))))))......}})}))....)))..)))))))))))))))),|||{{|},,{{{{{{{|,,|||,,..,,.,,,,,,,},,{((({.((((((((((({(,.....})),)}}.)))))))).)).))}...,,,.,,,|},,..,,,,,,,,,,,,||,||||,.{{{{{|||||||.....}}},,},,})))))..,}))}}..||||||||.{{(({{....)))))).,,,,....((,{(((((...((......)}..)))))))),,.,}|||||||............((((((((.(((((...))))).))))))))....,,,|,...)})))}},......)))))}.,)))))))))))..))),.,}}........,..,{{,.{{{|||,,....)})))}.}}},..},},..}}}}}..))))))}..}},.......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001145006.2 NCBI
ACUCAAUUACAGUAUUUCCUAUUCCUAAAAGAAUCUAGUAGGAAGGCUA… 2541 nt 0.4054
NM_001145007.2 NCBI
ACUGUUCCACUACUCAUCAAGCACAUAAGUUACUCAUUGAGAACCUCUG… 2480 nt 0.4073
NM_152291.3 NCBI
CUCUUCUUUUGCUUCUAGUUACCAUCCUCAAAGGAUUGGCUAAAAGCAA… 2363 nt 0.4088
Summary

This gene encodes a small salivary mucin, which is thought to play a role in facilitating the clearance of bacteria in the oral cavity and to aid in mastication, speech, and swallowing. The central domain of this glycoprotein contains tandem repeats, each composed of 23 amino acids. This antimicrobial protein has antibacterial and antifungal activity. The most common allele contains 6 repeats, and some alleles may be associated with susceptibility to asthma. Alternatively spliced transcript variants with different 5' UTR, but encoding the same protein, have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the MUC7 mRNA marker, targeted via two coding region single nucleotide polymorphisms (cSNPs), was successfully detected in saliva samples using a custom multiplex PCR and Illumina MiSeq sequencing, where saliva samples exhibited the highest read counts for this transcript [Trnka et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2026.103455]. In a separate collaborative exercise, the MUC7 was mentioned in the introduction/discussion as a saliva identification marker but was not experimentally studied within that specific protocol [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2013.09.009]. A study in humans developed a multiplex RT-PCR system for body fluid identification, where the biomarker MUC7 was evaluated as a saliva-specific mRNA marker [Tomoko Akutsu et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2022.102087]. Another study in the Chinese Han population also included the biomarker as a saliva-specific marker in its multiplex mRNA profiling system, where it was amplified only in saliva samples [Song et al. DOI:10.1016/j.jflm.2015.08.006].