Basic Information
Symbol
MUS81
RNA class
mRNA
Alias
MUS81 Structure-Specific Endonuclease Subunit
SLX3
Structure-Specific Endonuclease Subunit MUS81
Crossover Junction Endonuclease MUS81
MUS81 Endonuclease Homolog
FLJ44872
SLX3 Structure-Specific Endonuclease Subunit Homolog (S. Cerevisiae)
SLX3 Structure-Specific Endonuclease Subunit Homolog
MUS81 Endonuclease Homolog (S. Cerevisiae)
MUS81 Endonuclease Homolog (Yeast)
EC 3.1.22.-
EC 3.1.22
Location (GRCh38)
11:65857126-65867653
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
MANE select
Transcript ID
NM_025128.5
Sequence length
2364.0 nt
GC content
0.6062
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1007.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1045.84 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
803.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((......)))))(((((((((((..(((((.((((((.(((((((...((((.((((((.((((....(((((((.((((..(((((((..................((((((((((((((((((.((((...)))).)))))))).......)))))))))).)))))...))..)))))))))))...)))).)).))))))))....(((((..((((.((((..(((.(((...........(((....)))((((((.(((((((...)))).))).))))))))).))).))))..))))....)))))..(((((((....)))))))..(((((.(((((.((((((((((...((((((...(((........))).)))))).))))).)))))....))))).)))))(((((((.((((........))))))).))))...((......))..(((.((((......)))).))).((((........)))).)))).)))..)))))).)))))((((..((.....))..))))((((((((...........((((((.((((((((.(((((((.(((((..(((..(((.(((((.(((((...)))))(((((....)))))..))))).)))...((((((..(((((.(((((.......).))))..)))))..)))))).(((....(((((.((...))))))).....)))((((((((....))))))))....)))..))))).....((((((....))))))((((((((((((((((...(.(((..((..(((((((....))))))).((((((.((.((((((.((((...((((((((((....)))).((.(((((((((..(((((((((..(((..((((((.....((((((.(((((((..(((((((........)))).))))))..(((((((((((((.....)))))).)))))))......)))).))))))............(((.....)))(((((((((.....)))...))))))..(((((((((..(((...)))..)))).)))))...))))))..)))...)))).)))))..)..))).).)))).))))))))))))...))))))(((((((...........)))))))....((.((((((((((((((.....)))))...........))))))))).))((((...((((((........(((((......)))))..)))))).))))........)).))))))..))..))))...)))))))))))))).))....(((((.((((((.(((((....))))).)..)))))))))))))))))..(((((((....))))))).....)))))))))))))).....(((((.....)))))......))))))))(((((((((((...(((((((((......(((((.....)))))((((((..(.((((((((.(((((..(((.....)))....)))))((((((.(((.(..((.(((((((((((..........((.(((((((((((((..((....))..))).....))))))).................(((((((((((((((.((((((((((............((.(((...........))))).(((((.(((((.....)))))))))).)))))...)))))...)))))))))))))))..))).)).)))))))))))))..).)))...))))))..(((....)))..))).))))))))))))...((....))....(((..(.(((..((((.((((.....)))))).))..))).)...)))(((((((((...((((.((........)).))))....))).....)))))).)))))))))....))..))))..))))))))))))))))..(((.((((((...(((((....)))))..............)))))).)))..((((.(((((((...((((.....((((.((((......(((.((...(((((.....((((((.....)))))).((((((((..(((..((.(..(((((((((.....))))))))).).))..)))...)))))))))))))....)).))).)))).))))))))))))))).))))((((((.((.(((((.(((((((..((........((((...))))))..))))))).)))))))..))))))...................)))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((((((......)))))|(((((((({{..({((((,{,{{{,,.((({(({{({((,((((({.{(((,.,,({(((((,((({{{(,(((((,{.,,,,,{{,.,,.,{,((((({((((((((((((.((((,..|||}.}}}}}}}}.....{{|||}}}}}},.))))).,{||,.}}}}}))))}}..,))}},)),)})))))}..,}}}||||||||||{{(((((((((,,,...,,||.{((({{..{{{(((((((,({{({((,{.||||,}||.}||}||{{|{.,},|,)}|},|||||,.|||||{,{{(({||.,,.)))))))..(((((.(((((.((((((((((...((((((.,,(({.....,,.)),.)))))).))))).)))))....))))).)))))((((.(((((((........))))))))))))...,({{{{{.{{{.(((.((((,.....)))).))).((((........)))).,,||,}|}}|)}}.||{{{{||((|{|.,{{{({.,{(({{{((((({((((.((({...}))),}(((((((((...,,(((.{,,...,,|||{,.({,.{((((.(((((...)))))(((({....}))))..))))),)))}..((((((..(((((.(((({.....,,).)))}..)))))..)))))),{((,,,{({({{.{|.,.))))))}.....)}}((((((((....)))))))),}}.}}}..))))))))).((((((....})))))|.||||||||||{({{,,{{||,,.,|{,{(((((((....}}}|}||,{{||||..,{((((((.(({(((({(({{(((((,,.,|||,,((((((.,.|,||.{,,,||{{{..|||||||,(((..,..((((((.(((((({{.,{{((((.,....,.))))},}))}}..(((((((((((((.....)))))).)))))))....,.)))).)))))).}}}}...||.}||||}||,||}|||||,||||.}}}})),,,)},})}.,||||{((((..(((,..))),.)))).}))))}}.,,}},),})))))))))}))})))}.,.}})),},}.,||.}|||||}.|||,||||{{{|||}.})))),||,|||.{{(((((,((,,(((,{{..}}})})})}}..)),)).}}}}}..,.,||||{{((((({{{{,((((,,{{{.||||,|..,|||||,,...,)))))}.,))))},}}}}..,.{,,,||{,.{|}}..}}..},,|||||}}}}|||}}}})).}},,}.{{||||||{{{{.(((((....))))),),,)))))))))),|||}||||,{{{|||||..}}}}||((({{,{{..{|||}..,}},.,,,|{{{|,,,,,)}}}}{(({...})))||,((((({({({,...{{{{{(((,.,,.{{(((((...,,|}}}}.||||||.,,||,.,|||,}|)}|}}||,,,,,}))).}|}}.)}}((((((.(((.{..((.(((((((((((..,..{{,..((.,,,||((({((({...}}},)))..{{|{{...))))),,...,.............(((((((((((((((.((((((((((............((.(((...........))))).(((((.(((((.....)))))))))).)))))...)))))...))))))))))))))).,)),.),.)))))))))))))..}.)))..,)))})),,{,|}}}})))}})))})}.,))))))))}.}|}},..))....{{{..{.{{(.,{{((.((((.....)))))),))..})),}}..))}|||||||||},}||{|.{|}.}},.}})).))))}}}},)))}...))))}},)))},}))),...})}}})}...))))))))}|||||}}((((((.(((..((((((((((.((..((((({,{{((((....(((.(((((.((((...)))).))}.,))..)))...))))..}})))))).)).))))}}}))))...((((((.....)))))).((((((((..(((..,(((..(((((((((.....)))))))))..},)}})))...))))))))..))).))))))..,.|,|||}},{{.{{,|,}||},,.,,((((((.{,.(((((.(((((((..{{........((((...)))}))..))))))).)))))}}..))))}}...................}))))).....................
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GACAGGAAGGAGCCGGUCCAGGCUCCGGGGGCUGGGAAAGGGCGCGUCU… | 2367 nt | 0.6063 | |
| GACAGGAAGGAGCCGGUCCAGGCUCCGGGGGCUGGGAAAGGGCGCGUCU… | 2364 nt | 0.6062 |
Summary
This gene encodes a structure-specific endonuclease which belongs to the XPF/MUS81 endonuclease family and plays a critical role in the resolution of recombination intermediates during DNA repair after inter-strand cross-links, replication fork collapse, and DNA double-strand breaks. The encoded protein associates with one of two closely related essential meiotic endonuclease proteins (EME1 or EME2) to form a complex that processes DNA secondary structures. It contains an N-terminal DEAH helicase domain, an excision repair cross complementation group 4 (ERCC4) endonuclease domain, and two tandem C-terminal helix-hairpin-helix domains. Mice with a homozygous knockout of the orthologous gene have significant meiotic defects including the failure to repair a subset of DNA double strand breaks. [provided by RefSeq, Jun 2017] CIViC Summary for MUS81 Gene
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the MUS81 gene was upregulated in the ileum of methamphetamine-treated animals compared to controls, and its genomic location is near SNPs associated with inflammatory bowel disease [Sun et al. DOI:10.21037/Atm-20-7741].