Basic Information

Symbol
MVB12B
RNA class
mRNA
Alias
Multivesicular Body Subunit 12B C9orf28 FAM125B Family With Sequence Similarity 125, Member B ESCRT-I Complex Subunit MVB12B FLJ00001 Chromosome 9 Open Reading Frame 28 Protein FAM125B
Location (GRCh38)
9:126326815-126507041
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033446.3
Sequence length
4838.0 nt
GC content
0.5955

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2024.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2108.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1697.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001011703.3 NCBI
GCCGCCGCCGCCGCCGCUCUCGGUGAGGCUCGCGCUCGAGCUGCGGCGC… 2703 nt 0.4883
NM_033446.3 NCBI
GCCGCCGCCGCCGCCGCUCUCGGUGAGGCUCGCGCUCGAGCUGCGGCGC… 4838 nt 0.5955
Summary

The protein encoded by this gene is a component of the ESCRT-I complex, a heterotetramer, which mediates the sorting of ubiquitinated cargo protein from the plasma membrane to the endosomal vesicle. ESCRT-I complex plays an essential role in HIV budding and endosomal protein sorting. Depletion and overexpression of this and related protein (MVB12A) inhibit HIV-1 infectivity and induce unusual viral assembly defects, indicating a role for MVB12 subunits in regulating ESCRT-mediated virus budding. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in the forensically important fly *Sarcophaga peregrina* demonstrated that the MVB12B was consistently up-regulated during postembryonic development from larval to pupal stages, a pattern validated by qRT-PCR [Ren et al. DOI:10.3390/insects13050453]. In a blind study using larval specimens, expression models based on such up-regulated genes, including the MVB12B, showed a significant correlation with developmental time and were able to predict larval age, indicating its utility as a molecular marker for age estimation.