Basic Information

Symbol
MYD88
RNA class
mRNA
Alias
MYD88 Innate Immune Signal Transduction Adaptor Myeloid Differentiation Primary Response Protein MyD88 Myeloid Differentiation Primary Response Gene (88) Myeloid Differentiation Primary Response 88 TLR Adaptor MYD88 Mutant Myeloid Differentiation Primary Response 88 MYD88D IMD68 WM1
Location (GRCh38)
3:38138552-38143024
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002468.5
Sequence length
2667.0 nt
GC content
0.5298

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-976.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1024.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 392.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.......)))...(((((((((((((((.......(((.((((((.(((..((((..(((((((((.(((..(((((((((((..((((((.........(((((.(((.......))).)))))(((((((((.(((((.(......).))))).)))))))))((((....)).))((....))))))))..))))............))))))).)))...((......)).))))))))).(((.(((((........))))).)))((....)).(((((((((((((.....))))((((...((((((..((((((((((.(((..(.((((((((..(((((...))))).......((((((((.....))).)))))....)))))))).).(((((((....)))))))(((((((.((((((....))))..(((((...)))))((((.(((.((((((((((.......))))).)))(((((((((...((.(((((((....))))..)))...))...)))))))).)...((((((...(((.(((.....))).))))))))).((((((.((...((((....)))).)).))))))...)).).)).))))..)))))))))))))))))))..))).))))))...))))..)))))))))))))(((((.((.((((((.(((((((..((((((.((((..(((...(((.(...............))))....))))))).))))))..))))))).))))))...))))))).(((...(((((.(((.(((......((.(((....))).))))).))).)))))...)))......)))))))))))).....))))))))))...))))).((((((..((((.((((....(((((((((.(((..(((.((.((((((.(((((..(((((..(((((((((.....(((((((..(((((((........))))))).((((((.....................((((.((((((..(((((((.(.((.(((...((((.((((((........)))))).)).))....))))))))))))))))))).))))((.((((......)))).)).....))))))..((((..(((((((.....(((((.....((((((.......)))))).............)))))...))))))))))).....(((((((((((((((..(..(((((((.((((((((((.(.(((.....))).....).)))))))))))).(((((((....)))))))((((.(.((((.((((((((((((....))))).......((((.((.(.((.(((.......))).)).))).))))))))))).)))).).))))(((((....)))))..)))))....)..)))))))))).)))))........)))))))(((((((((((....(((((((((.(((((........))))).))............)))).)))..((((...........(((((.......((....)).......(((((((((((..(((((((.(((.(((....(((((((....))))))).......(((...((((((((.(((....((((((...(((......)))))))))..))).))))))))...))).(((((.....))))))))))))))))))..))))))))..))))))))(((((..((((........))))..))))).)))))))))))))))(((((((((.(......)...)))))))))...((((....))))((............)).....(((((((...))).)))))))))))))....)))))....))))).))))))........(((((....)))))...........)))))..)))...)))...)))))).)))).)))).(((((((.(((((..(((((((...))))))).(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((((((((..(((.((..(........)..))))).....))))))))...........(((((..((..((((...((((....((((((((.(((((((.(((....((((..((....))...)).))....))).))))))).))))))))))))..))))..))..)))))...)))))))))))).).))))))((((((((((..(((((((((.((((((.(....).)))))))))))))))....((((...((((((.(.....(((((((((((((......))).))))))))))..).))))))..))))(((((((((....((((((((.((((.(((......))).))))....(((.(((...))).)))...............)))))))).....)).))))))).))))))))))(((.....)))..(((........((((((..(((((..(((((..((........))..)))))...))))).))))))......))).......((((((....)))))).........))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,(((.......)))},.(((((((((((((((.......(((.((((((.(((.{((((,.(((((((((.,,,,,(((((((((((..((((((........,(((((.(((.......))).)))))(((((((((.(((((.(......).))))).))))))))){(((....)).))||,.,.))))))))..))))............))))),)})),..,||,...,.,..))))))))).{((.(((((........))))).))|((...})).(((((((((((((.....))))((((...((((((..((((((((((.(((..(.((((((((..(((((...))))).,{.{{{(,,{{({{.....))}..)))).},.)))))))).).(((((((....)))))))(((((({,((((((....))))..(((((...)))))((((.(((.(((({(((((.......))))).},|,((((((((...((.(((({((....,})).,)))...))...)))))))).)...((((((...(((.(((.....))).))))))))).((((((.((...((((....)))).)).)))))).}})).).)).))))..)))))))))))))))))))..))).))))))...))))..)))))))))))))|((((.(({((((((.(((((((..((((((.((((..(((...(((.,.............,,))))....))))))).))))))..))))))).)))))).,.)}))))).(((...(((((.(((.(((......{(,(((....))).))))).))).)))))...)))......)))))))))))).....))))))))))...))))),((((((...,{{.,{((,{..(((((((((.(((..({({((,((((((,((({(.,(((((..(((((((((.....(((((((..(((((((........))))))).{{((((.,...................{(((.((((({,({{(((((.(((...{.{{,((({.((((((........)))))),)).)).,....))).))))))))))))).)))}{{.((((,.....)))).))),,..,}}))}..((((..(((((((...{{((,((,....((((((.......))))))..,...}}.....))))....))))))))))).....(((((((((((((((..{..((((({(.((((((((((.,.,((,....,,....}}}.)))))))))))}.(((((((....)))))))((((.(.((((.((((((((((,({{{{|,|||..,{{{.((,{.,,.|.||}|||.}}}}}})),.,}.,)).))))}}))))).)))).).))))(((((....))))),.)))))....,..))))))))))}}))))........)))))))(((((((((((....{((((((((.(((((.,......))))).))............)))),),,..,,{{.{{{{{{....,,,,,.......((....)}.......{{{((((((((..(((((({,(({{((({...(((((((....))))))).......(((...((((((((.(((....((((((...{((......)))))))))..))).))))))))...))).,,,,,.....,}},})))))))))))))..))))))))..}))})))}|{((({{(,,,..}}}}}})})}..}})))}))}})))))))))))(((((((((.{......}...)))))))))..,((({....})))|{............}}....,(((((({...})).)))))))))))))....)))))....)}))).)})))).,.,,,.,(({{{.,,,))))}.........,.)))))..)))...},),,.))))))},})),)}}}.{((((((.(((((..(((((((...))))))).(((((((.((((((...(((......)))....))))))...,,,....((((((((..,{(,({..{........)..}}}}}.....))))))))....,,}....(((((..((..((((...((((....((((((((.(((((((.(((....((((..,.....,}...)).))....))).))))))).))))))))))))..))))..))..)))))...)))))))))))).),))))))((((((((((..(((((((((.((((((.(....).)))))))))))))))....,(((...((((((.{..{({(((((((((((((......))).)))))))))))},.))))))..)))|((((((({({...((((((((..{{(.(((......))}.)}|{,,..,,{.|||,..))}.,,}...............)))))))).....)).)))))))})))))))))){{{.,...}}}..{{{.....{{,{(((((..(((((..(((((..((........))..))))),..))))).)))))),}....))).....{{((((((....,,,,)),,.,,}}..))))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001172566.2 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2351 nt 0.5283
NM_001172567.2 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2691 nt 0.5310
NM_001172568.2 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2532 nt 0.5276
NM_001172569.3 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2486 nt 0.5306
NM_001365876.1 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2648 nt 0.5302
NM_001365877.1 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2513 nt 0.5281
NM_001374787.1 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2624 nt 0.5290
NM_002468.5 NCBI
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCA… 2667 nt 0.5298
Summary

This gene encodes a cytosolic adapter protein that plays a central role in the innate and adaptive immune response. This protein functions as an essential signal transducer in the interleukin-1 and Toll-like receptor signaling pathways. These pathways regulate that activation of numerous proinflammatory genes. The encoded protein consists of an N-terminal death domain and a C-terminal Toll-interleukin1 receptor domain. Patients with defects in this gene have an increased susceptibility to pyogenic bacterial infections. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2010] CIViC Summary for MYD88 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the MYD88 gene was significantly upregulated in the bone marrow of severely injured trauma patients compared to both healthy controls and elective hip replacement patients, indicating its role as part of the innate immune and inflammatory transcriptomic signature following severe trauma [Kelly et al. DOI:10.1097/SHK.0000000000001826].