Basic Information

Symbol
NABP1
RNA class
mRNA
Alias
Nucleic Acid Binding Protein 1 SOSS-B2 SSB2 Sensor Of Single-Strand DNA Complex Subunit B2 Single-Stranded DNA-Binding Protein 2 OBFC2A HSSB2 Oligonucleotide/Oligosaccharide-Binding Fold-Containing Protein 2A Oligonucleotide/Oligosaccharide-Binding Fold Containing 2A NABP1 3'UTR Overlapping Transcript 1 Sensor Of SsDNA Subunit B2 SOSS Complex Subunit B2 DKFZp667M1322 MGC111163 NABP1-OT1 FLJ22833 FLJ13624 Nucleic Acid-Binding Protein 1 LncRNA AK130181
Location (GRCh38)
2:191678068-191741097
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001031716.5
Sequence length
2269.0 nt
GC content
0.4138

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-628.87 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -674.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 614.17
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001031716.5 NCBI
AGUCGCUGUUUGGGACGCUGGGUGUGCGGUGUUCUGUCUCCGCUCCCGU… 2269 nt 0.4138
NM_001254736.3 NCBI
AGUCGCUGUUUGGGACGCUGGGUGUGCGGUGUUCUGUCUCCGCUCCCGU… 1805 nt 0.3850
Summary

Single-stranded DNA (ssDNA)-binding proteins, such as OBFC2A, are ubiquitous and essential for a variety of DNA metabolic processes, including replication, recombination, and detection and repair of damage (Richard et al., 2008 [PubMed 18449195]).[supplied by OMIM, Jun 2008]

Forensic Context

A study in human cardiac tissue identified NABP1 mRNA as a potential biomarker for mechanical asphyxia, as it was downregulated in the mechanical asphyxia group compared to the craniocerebral injury group [Zeng et al. DOI:10.1007/S00414-017-1616-4].