Basic Information

Symbol
NAIP
RNA class
mRNA
Alias
NLR Family Apoptosis Inhibitory Protein NLRB1 BIRC1 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain, Leucine Rich Repeat And BIR Domain Containing 1 Baculoviral IAP Repeat-Containing Protein 1 Neuronal Apoptosis Inhibitory Protein Psi Neuronal Apoptosis Inhibitory Protein NLR Family, BIR Domain Containing 1 Baculoviral IAP Repeat-Containing 1 PsiNAIP
Location (GRCh38)
5:70968166-71025339
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004536.3
Sequence length
7093.0 nt
GC content
0.4231

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2033.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2169.02 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2050.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001346870.2 NCBI
GCAAAUCAGACGCCGCCUCCUCAGGCCUACCUAUAAAAUCUGGUGCAGU… 6840 nt 0.4269
NM_004536.3 NCBI
CAACAUCAGGUAAAAGUACAGACUAGCCAGAUCACUGGUUAACCUUAAC… 7093 nt 0.4231
NM_022892.2 NCBI
CAACAUCAGGUAAAAGUACAGACUAGCCAGAUCACUGGUUAACCUUAAC… 6422 nt 0.4172
Summary

This gene is part of a 500 kb inverted duplication on chromosome 5q13. This duplicated region contains at least four genes and repetitive elements which make it prone to rearrangements and deletions. The repetitiveness and complexity of the sequence have also caused difficulty in determining the organization of this genomic region. This copy of the gene is full length; additional copies with truncations and internal deletions are also present in this region of chromosome 5q13. It is thought that this gene is a modifier of spinal muscular atrophy caused by mutations in a neighboring gene, SMN1. The protein encoded by this gene contains regions of homology to two baculovirus inhibitor of apoptosis proteins, and it is able to suppress apoptosis induced by various signals. Alternative splicing and the use of alternative promoters results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2016]

Forensic Context

A study in human cadavers demonstrated that mRNA in liver tissue remains stable for postmortem gene expression analysis up to 48 hours, and PCR array analysis of the apoptotic thanatotranscriptome showed the anti-apoptotic gene NAIP was down-regulated more than sixfold in decaying tissues compared to a control [Javan et al. DOI:10.1007/S12024-015-9704-6].