Basic Information

Symbol
NANOG
RNA class
mRNA
Alias
Nanog Homeobox Homeobox Transcription Factor Nanog Homeobox Protein NANOG FLJ12581 FLJ40451 Homeobox Transcription Factor Nanog-Delta 48 HNanog
Location (GRCh38)
12:7787794-7799146
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024865.4
Sequence length
5182.0 nt
GC content
0.4471

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1868.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1955.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1035.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001297698.2 NCBI
AUAAAUCUAGAGACUCCAGGAUUUUAACGUUCUGCUGGACUGAGCUGGU… 2049 nt 0.4505
NM_024865.4 NCBI
AUAAAUCUAGAGACUCCAGGAUUUUAACGUUCUGCUGGACUGAGCUGGU… 5182 nt 0.4471
Summary

The protein encoded by this gene is a DNA binding homeobox transcription factor involved in embryonic stem (ES) cell proliferation, renewal, and pluripotency. The encoded protein can block ES cell differentiation and can also autorepress its own expression in differentiating cells. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

A study in mice and human samples demonstrated that NANOG, a stemness transcription factor induced by TLR4 activation, promotes self-renewal, metabolic reprogramming, and chemoresistance in tumor-initiating stem-like cells during alcohol-associated hepatocellular carcinoma development [Machida et al. DOI:10.1016/J.Cbi.2020.109055].