Basic Information

Symbol
NAP1L3
RNA class
mRNA
Alias
Nucleosome Assembly Protein 1 Like 3 Nucleosome Assembly Protein 1-Like 3 MB20 NPL3 MGC26312 BNAP
Location (GRCh38)
X:93670930-93673578
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004538.6
Sequence length
2649.0 nt
GC content
0.4236

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-732.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -783.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 645.02
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((....))).))))))..(((((((............))))))).((.(((((((....((.((((.((....(((((((..(((..((((...(((((....(((((((((((((((((....((.(((((..(((((((((((((....(((((((((.(..(.((.(((..(((....)))((.((..((..(((..(.((..((((..((((.((((((.(((((((.((.((((((((..((((((((((..(((........)))....))))))))))........(((((((((..........))))).)))))).)))))).)).....))))))).))...))))..))))..)))).)).)..)))..))..)).))(((((((.(.((.((....)).)).))))))))))).)).)..).))))))))).))))))))(((.((.(((((.((....)).))))).)).))).............((((((......))))))......))))))))))))...))))))........((((((((.(((((((...))))))).......((((....))))......(((((((...)))))))((((.(((....))).))))..........))))))))(((....))).....((((((((((..((..((((((..((.((((((..(((..............)))..)..)))))))......................)))))).))..))))))))))..)))).(((((((((((........))).)).....))))))(((..(((((.............))))).)))......)))))))....))))).....(((((.(((((........((((.......))))........))))).)))))..............))))..)))..........((((..........)))).)))))))....((((.............................))))...((((...............))))...)).)))).))....))))))).))((((((.(((((((((......)))))(((((((.....)))))))(((((((((.(((....))).)).(((((((((.((((...((((((((...((((((......(((((((.(((((...(((((..((((((((((((.....((((.(((.((........)).))).))))..(((((........)))))))))))).....))))).))))).....))))).)).)))))..))))))....)).)))))).......((((((((((....))))))).)))..................))))......(((.(((((((.((((.(((((....))))).))))...(((((...(((..(((((((((.((((((((((((((((((((((((...(((.(........))))(((..((((.((((..(((((..........)))))..(((((((((.(.....).)))))))))(((.(((...(((((((.(.((.((((((....)))))).)).)..(((.((..........)).)))..)))))))..))).)))((((((....(((((((...(.(((((.(((((((((...........((((((((.....((((((...(((......))).......((((((..(((((((((((((((..............((((((((...))))))))......(((((..(((((.....))))).....)))))..............((((.(((((...(((........))).)))))))))..))))))).))))))))....)))))).........(((.(((....)).).))).)))))).....)))..)))))(((((.(((((((..((..((....(((((((.((.((........)).))...)))))))))..))))))))))))))))))))))).).)))).).....))))))).)))))).....)))).))))..))).((((.........))))...(((((((((((((......................))).))))))))))))))))))))))))))))))(((..........)))......)))))))))...)))).))))))))...(((((((((((...........)))))))))))((((((..(((((((..((((((..((((...........))))...(((.((((((.......)))))).)))...............(((((.((((((.((((((...((((.....((((...))))....))))...))))))..)))))))))))(((((((((...((((........))))....))))))))).....)))))).)))))))..)))))).....))))))).)))...))))))))).....((((((.....)))))).))))))).........)))).))))))...................(((.(((((...))))).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,{,{{((..((((((((((.....,((((.((...,..((((({((..(((({,(((..({.({....)}.)}.))))))))..))}.,)))))......)).))))|{....},.......(((...((((((((((((((.(((((((((.{.(((((((({,,((({(((((((((((..(.{{{(,.({{((({{........))}||{..{((((((((((((,.((((..((({.(((.......))).}))).)))).,..))))))))))))..}},,......,)))..))).....}..))))...))))))).,..},))}}.},((((({{{..{{,|{((((((.....))))))..,,}},,).}))},,})}.((.{((((((((.(.((.((....)).)).))))))))}}).)).)))))))).}.))))))))).)).)))).))))).)))...))).))))))))))..)),.,,,.(((((.((((((.((..(((((((((,,({{(.(,,,|{}}})},)))}}..,....}}}.}}},..{((((((...))))))}.......((((....))))...,..(((((({...}))))))..,,)))))).)))))).)))))....(((((.((.((.(.(((((((...,,{(((((((((..((..((((((..((.(((((,,,(((..............))).,)..))))))}......................)))))).))..))))))))){((({,({(((((((((((........))).)).....))))))}}}}(((((.((((.((((.(......{(((((((((.,.,.(((,...,{{{,,..,.(((((.(((((........((((.......))))........))))).)))))...,....,,||({((({..((((,..,...{{((((((({{....(((.,,.((,((...}}}||..}}}...}},{{{{{{{.....,|||.,,|,||...,||{,{,{...........((((..(((.......))).))))..((((((.{,.(((((((((((......)))){(((((((.....)))))))}...(.(((.{((....}}}.})},}..{((((.((((...{(.,......))..)))).))))|(((.,.,((((...((((((.(((((((((({{..((...((((((.(((,{((,{{{{.{{{..((((({({.(((((((((((((({,..{(((......(((((......((((((((.{(({...}}}}((((((((((((((((((({((({,,((((((((((....))))))).})),{,,,..............((.....}}.(((({...})))),}}},.....,}}))}.))))))),}))))})).)))))){{.{{.({..(((((((((((,,(((..(((((...((((((..,........)))))).{{(({({.(((((..........))))).....}))))},......))))).))})))..))))))))))).}}.)}}}.((((((....)))))))))))..))).)))))...)))))))..)))))))))))))}}..))))).(((((((.(((((...)))))..))))))).......|||||,|||||,,,|||,,|(((({,....}}},,..|||||......((((((..(((((((((((((({....,,,,.,,||.{{{{((({,,,||},|}}}......{{{||,.(((((.....))))).....)))))..............((({{(((((...(((........))).))))))))).,))))))),,)))))))....)))))).........{((.{({....}).).))}.,})))),....}))}}))))))))...)).}}.)))))))))).))))))....))))}.,))),......{{{(((((....{|{{{{{{||.{{|{{...,,....}}}}|{({.{{...}),)}}(((((.((({{,{,,|,||{{......,,.))}....}))))).)))))}...,,..(({(,,,.....}}}}..,,,.}}}}}))).,,..))))))))....})))))))}}.)))))}....,||}.,)))))}.,)))))))),,.|}})}}.))))))},,..(((((((((((...........)))))))))))...{{{{{{({{{{(,{(({..,,,{||||.|,,,...,,}}},...{((.{(((((.......)))))).))}{{|.,,,,.||.,{{((((({((((((.((((((...{(((,,...((((...})))...,))))...))))))..)))))}})))}|||||||,|,.,||||....,}.}))))...})))))))}}.....,,.,,,.,,,,))),,.)))))))))).....).)))).)))))))))))))}..((((((.....)))))).,,,...))))))).).)).)).))))).................,,|,..,}|)),.,,,.,,.......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004538.6 NCBI
AUACUGCGCCAUUCGGCUGCGGUACAUCUCGGCACUCUAGCUGCAGCCG… 2649 nt 0.4236
Summary

This gene is intronless and encodes a member of the nucleosome assembly protein (NAP) family. This gene is linked closely to a region of genes responsible for several X-linked cognitive disability syndromes. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

A study in humans analyzing heart tissue from patients with various structural heart diseases identified the NAP1L3 as a significantly up-regulated gene expression marker (mean fold change 1.8298, adjusted p-value 4.7889 × 10^-15) within a 62-gene signature that achieved approximately 95% classification accuracy for distinguishing diseased from control samples [Fajarda et al. DOI:10.1186/s13040-020-00217-8]. A separate bioinformatics analysis of human platelet transcriptomes from acute myocardial infarction patients identified the NAP1L3 as a hub gene in the sky-blue module related to energy metabolism in non-ST-segment elevation myocardial infarction (NSTEMI) patients [Zhang et al. DOI:PMC8129354].