Basic Information

Symbol
NBR1
RNA class
mRNA
Alias
NBR1 Autophagy Cargo Receptor KIAA0049 1A1-3B M17S2 Membrane Component, Chromosome 17, Surface Marker 2 (Ovarian Carcinoma Antigen CA125) Cell Migration-Inducing Gene 19 Protein Next To BRCA1 Gene 1 Protein Neighbor Of BRCA1 Gene 1 CA125 Membrane Component Chromosome 17 Surface Marker 2 Neighbor Of BRCA1 Gene 1 Protein Migration-Inducing Protein 19 Protein 1A1-3B B-Box Protein IAI3B MIG19 1A13B
Location (GRCh38)
17:43170317-43211689
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005899.5
Sequence length
4613.0 nt
GC content
0.4531

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1444.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1530.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1163.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001291571.2 NCBI
AGAUUCACCCCACAGGGAUAGCGGCAGAGCCGGUAGCGGACGGUCCUUG… 3131 nt 0.4906
NM_001291572.2 NCBI
AGAUUCACCCCACAGGGAUAGCGGCAGAGCCGGUAGCGGACGGUCCUUG… 4386 nt 0.4517
NM_005899.5 NCBI
AGAUUCACCCCACAGGGAUAGCGGCAGAGCCGGUAGCGGACGGUCCUUG… 4613 nt 0.4531
NM_031862.4 NCBI
AUUCUACCUGAGUUCGCCGUAAAGCGCCCGCCCUCUCGCCUCUACGCUU… 4727 nt 0.4508
Summary

The protein encoded by this gene was originally identified as an ovarian tumor antigen monitored in ovarian cancer. The encoded protein contains a B-box/coiled-coil motif, which is present in many genes with transformation potential. It functions as a specific autophagy receptor for the selective autophagic degradation of peroxisomes by forming intracellular inclusions with ubiquitylated autophagic substrates. This gene is located on a region of chromosome 17q21.1 that is in close proximity to the BRCA1 tumor suppressor gene. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Apr 2014]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the NBR1 in microglia, where it is involved in the mitophagy pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].