Basic Information

Symbol
NCAM1
RNA class
mRNA
Alias
Neural Cell Adhesion Molecule 1 NCAM CD56 Antigen Recognized By Monoclonal Antibody 5.1H11 Neural Cell Adhesion Molecule, NCAM CD56 Antigen N-CAM-1 NCAM-1 MSK39
Location (GRCh38)
11:112961275-113278436
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181351.5
Sequence length
5819.0 nt
GC content
0.4803

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1827.07 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1936.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1266.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000615.7 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 5789 nt 0.4799
NM_001076682.4 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 4751 nt 0.5172
NM_001242607.2 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 5897 nt 0.4813
NM_001242608.2 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 4646 nt 0.5164
NM_001386289.1 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 4673 nt 0.5168
NM_001386290.1 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 5816 nt 0.4804
NM_001386291.1 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 4643 nt 0.5165
NM_001386292.1 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 5786 nt 0.4800
NM_001400603.1 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 4658 nt 0.5167
NM_001400604.1 NCBI
ACUCAUUCUCCGAUCAGCGCGUGAACGCAGCUCGGCUGCCGCUGGCAGG… 4688 nt 0.5171
Showing 1 to 10 of 30 entries
Summary

This gene encodes a cell adhesion protein which is a member of the immunoglobulin superfamily. The encoded protein is involved in cell-to-cell interactions as well as cell-matrix interactions during development and differentiation. The encoded protein plays a role in the development of the nervous system by regulating neurogenesis, neurite outgrowth, and cell migration. This protein is also involved in the expansion of T lymphocytes, B lymphocytes and natural killer (NK) cells which play an important role in immune surveillance. This protein plays a role in signal transduction by interacting with fibroblast growth factor receptors, N-cadherin and other components of the extracellular matrix and by triggering signalling cascades involving FYN-focal adhesion kinase (FAK), mitogen-activated protein kinase (MAPK), and phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K). One prominent isoform of this gene, cell surface molecule CD56 , plays a role in several myeloproliferative disorders such as acute myeloid leukemia and differential expression of this gene is associated with differential disease progression. For example, increased expression of CD56 is correlated with lower survival in acute myeloid leukemia patients whereas increased severity of COVID-19 is correlated with decreased abundance of CD56 -expressing NK cells in peripheral blood. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct protein isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in humans analyzing blood and skin from severe burn patients identified NCAM1 as a key dysfunctional gene whose expression was significantly correlated with patient survival [Liang et al. DOI:10.21037/atm-22-3918].