Basic Information

Symbol
NCBP2
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Cap Binding Protein Subunit 2 CBP20 NIP1 Cbc2 Nuclear Cap Binding Protein Subunit 2, 20kDa Nuclear Cap Binding Protein Subunit 2, 20kD Cell Proliferation-Inducing Gene 55 Protein Nuclear Cap-Binding Protein Subunit 2 20 KDa Nuclear Cap-Binding Protein NCBP 20 KDa Subunit NCBP Interacting Protein 1 NCBP-Interacting Protein 1 PIG55
Location (GRCh38)
3:196935402-196942594
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007362.5
Sequence length
2101.0 nt
GC content
0.4084

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-572.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -615.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 740.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042540.2 NCBI
GCAUUGUGGUCCGCUUCUCUGCACUAUGUCGGGUGGCCUCCUGAAGGCG… 1942 nt 0.4135
NM_001308036.2 NCBI
GCAUUGUGGUCCGCUUCUCUGCACUAUGUCGGGUGGCCUCCUGAAGGCG… 2592 nt 0.4475
NM_001410857.1 NCBI
GCAUUGUGGUCCGCUUCUCUGCACUAUGUCGGGUGGCCUCCUGAAGGCG… 2367 nt 0.4330
NM_007362.5 NCBI
GCAUUGUGGUCCGCUUCUCUGCACUAUGUCGGGUGGCCUCCUGAAGGCG… 2101 nt 0.4084
Summary

The product of this gene is a component of the nuclear cap-binding protein complex (CBC), which binds to the monomethylated 5' cap of nascent pre-mRNA in the nucleoplasm. The encoded protein has an RNP domain commonly found in RNA binding proteins, and contains the cap-binding activity. The CBC promotes pre-mRNA splicing, 3'-end processing, RNA nuclear export, and nonsense-mediated mRNA decay. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem prefrontal cortex identified gene modules correlated with schizophrenia symptoms, where the NCBP2 was included in the blue gene module, which is located in the 3q29 deletion region and overlaps with the Multiple Sclerosis signaling pathway, and this module's expression was significantly correlated with general psychopathology scores and a polygenic risk score for schizophrenia [Miyahara et al. DOI:10.1038/S41398-023-02449-8].