Basic Information

Symbol
NCDN
RNA class
mRNA
Alias
Neurochondrin NCDN-1 NCDN-2 Norbin KIAA0607 NEDIES
Location (GRCh38)
1:35557456-35567274
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014284.3
Sequence length
3698.0 nt
GC content
0.6230

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1597.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1659.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1118.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001014839.2 NCBI
AGUGGGCAACGCGGCGUGAGCAGCGGCCCGAGGCUCCCGGAGCAUCGCG… 3426 nt 0.6273
NM_001014841.2 NCBI
AGUGGGCAACGCGGCGUGAGCAGCGGCCCGAGGCUCCCGGAGCAUCGCG… 3358 nt 0.6281
NM_014284.3 NCBI
AGUGGGCAACGCGGCGUGAGCAGCGGCCCGAGGCUCCCGGAGCAUCGCG… 3698 nt 0.6230
Summary

This gene encodes a leucine-rich cytoplasmic protein, which is highly similar to a mouse protein that negatively regulates Ca/calmodulin-dependent protein kinase II phosphorylation and may be essential for spatial learning processes. Several alternatively spliced transcript variants of this gene have been described. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the NCDN was notably upregulated in excitatory neurons in samples with post-mortem intervals of 24 to 54 hours, where it is involved in neuronal function [Guo et al. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147708].