Basic Information

Symbol
NCOA3
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Receptor Coactivator 3 BHLHe42 TRAM-1 SRC-3 RAC3 AIB1 ACTR Thyroid Hormone Receptor Activator Molecule 1 Receptor-Associated Coactivator 3 CAGH16 TNRC16 KAT13B SRC3 Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 42 Steroid Receptor Coactivator Protein 3 Amplified In Breast Cancer 1 Protein CBP-Interacting Protein EC 2.3.1.48 P/CIP AIB-1 PCIP BHLHE42 TNRC14 NCoA-3 CTG26 TRAM1 RAC-3
Location (GRCh38)
20:47501864-47656877
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181659.3
Sequence length
7961.0 nt
GC content
0.4267

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2298.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2451.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2125.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((......(((....))))))))))))))))((.((((((((.(((((.(((...))).))))).)))))))).))........((((..((((((((((((.(......).))))).((((..(((......((((....(.(((((.(((..(.((...............((((((((((....((((((....))))))...)))))....)))))...((((((((..(((....))).)))))))))).)..)))))))).)....)))).........)))..)))).((((((((.(((((((((((..(((((((..((.(((.((.(((((........(((((.....(((((((.(((((((((((.(((((((((..(((((((((.....)))))))))....((((((..((((.((((((............(((.(((((((((........(((((.(((((.....)))))...........)))))........)))))))))))).((((((((((((((.........)))))))..................((((((((.((.(((((.(((((.(((((..(((.(((((......(((.(((...(((((..((((((...........(((((((.((((..(((..(((((........(((((......((((.....)))))))))....(((((((..(((....)))..)))))))...(((..(((.(((((.(......).))))))))..))).....)))))....)))..))))..)))))))..............)))))))))))))))))......)).))).)))....))))).))))).))))).)).)))))))))))))))((((..(((((.((.(((((.(((((((((..((((..(((((..(((((.(((((...((((((..((..((((((((((((.......))))).......((((((((..((((........)))).))))))))...(((((((.((((.....((..((((..(((...)))..))))...))((((((((((((..(((((..((((..(((((((((......(((((((.(((.(((...(((((((..(((...((..((....))..))...)))....)))))))(((((((((.........(((((.(((((((((...((((((...((((((((((...........(((((((((((.................))).(((((....((((...(((...(((..(((.((........(((.......)))........)))))..)))...)))...))))...)))))(((((((......(((((((.((((((((....))))))))..)))..(((........)))))))....((((((((((((((((........))....(((((((..((((.((((((.(((.((((((((..(((......))).....)))))))).)))(((.(((.......)))...))).((((((..........(((((..((....)))))))....((((((((..(((((.(((...)))))))).((..((((.......(((((((....)).)))))......))))..))((((((.((...........)).))))))....)))))))).....)))))).....(((((((........))))))).)))))))))).)))))))))))))))(((.(.(((((.((((....))))..))))).).)))........))))))((.(((((.........))))).))................((((...((((....(((((((...)))))))....))))...)))).......)))))))))))))))...)))).))))))(((((((((((((((....))))...................((((...(((((((((((......((((((((((((.....))))))...........(((((.(((((((((.........(((((.((.((((((((((((.((((((.((((((((((..((...((((((((..(..((((.((((((((.(.(((((......(((..(((((((.........)))))))..)))..............)).)))).)))))..))).))))..)...((.(((((((...((((((.(((..(((.......))).))).)))))).........))))))).)).((((........))))...)))))))).))..))))..)))...)))))))))...(..((((......((((((((..(.(......).).))))))))......))))..))))))))))))).)).))(((((.(((((....((((((.....(((((((.(((.(((((......((((.(((.(((((((.((((((((((...((((.((((..(((((.(..((((((........(((((..(((...((((.(((((..(.(((((....(((((((((((((.((((.(((.((..........................)).))).))))..))))).))))))))..))))))..))))).)))).....)))...)))))(((..(((((((..((((...))))...(((.(((((((((.........(((......))).(((.(((.(((((((((..(((....).))..))).)))......))).))).)))............((.((((((.((((((((((((((((.......)))(((((((.(.......(((((((........)))))))........).)))))))..(((((.(((((.....))))).)))))...........(((.((((((......)))..))).))).......((((.(((.....)))))))((((..........))))(((((((.......))))))).....)))))))).((((......(((((....((((.....)))).)))))......))))..((....))(((((((........(((((((.((..(((((((....)))))))....)).))).)))).......)))))))..))))))))))).))((((((((((...((((((((.(((....((((((...(((.((......))))).......))))))))).)))))))).)))))))))).(((((((...)))))))...))).)))))))))((((.(((((((..((.((((((.(......((((((((.(((((((((.((.((((((..(((...((((.((((((.((((((..((((.....))))..))))....)).))))))(((((((((((....))))...((..((.((....)).))..))....(((((.((.(((.(((((((((.((.((((((.(((((((((.......)))))))))(((....(((((((((...((((............))))..(((((...((((((((((((...(((((.....))))).((........)).((((((((((......((........))...............(((((((((....)))))))))((((.(.((((((((((.((((.(((....)))..)))).))))))))((((((((((...((((((((.((((((((......)))......))))).))).........)))))))))))))))...........)).).)))).(((((((((((.((((((..(((((((((.((..(....)..)).))...)))))))..)))))).((.((.((.((....)).)).)).)).((.((....)).))..........((....))....((.((....)).)).......(((.....)))(((........)))..((((......)))).(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))........(((((((..........))))))).((((.((((...((((....((((((((..((.((((((((((.((((.(....((((((...((.(((((.(((.(((((((((((...((((((...((....)).))))))........((((((((....)).))))))(((((..........)))))((((.....))))((((((....(((...)))......))))))...((((((((...((((((((.......(((.(((..((((...((((((.((........))...)))))).))))..))).))).(((..((((((((.(((((...............)))).).))))))))....)))....)))))))).....))))))))...))))).)))))).))).))))).))...))))))...)))))...........(.((((((......)))))).)..((((((((....)))))))).)))))))))).))..)))))))).....))))...))))..))))......))))))))))).)))))))))).((((((....)))))).((((((((((.((((.(((........)))))))...)))))))))).(((.((((((...)))))))))........)))))))))..((((..(((((......(((....)))....)))))...))))........((((((((((((...))))))))))))........(((((((((((((((((((.....(((....))).........)))))))....)))))))))))).....)))...)))))))))))))).....))))))))).)))).))))))).))).))))))).((((......))))((((((((........))).))))))))))))..((((((.((((((((.((.((((.(((((((....((((((((((((..(((((((((.((................((((((.(......((((..(((......)))..))))((((.((((((((.......))))))))))))..........(((((((.((((((.(((...)))))))))((((((((.((((((....))).))).))))))))..((..(((.(((((((((....(((((....(((((((.....))))))).....)))))))))))))).)))..))........))))))).).))))))((((((...)))))).((((((.....))))))(((((....))))).....((((((.(((((....((((((((((...)))))).))))....))))).))))))...)).)))))))))......)))))))))))).....(((((...)))))..((.....((((.(((((...)))))))))....)))))))))..))))....))..)))))))).))))))..))))..))).))))))(((((((((((((((....((((((((.(((((...(((((((((....((((.....)))))))))))....))...))).))))))))))...............................((((...))))...))))))))............)))))))...........................................((((..(....(((((((((......)))))))))......)..)))).)).))))).)))).))))).)))......).))))))))..))))))).))))...)))))))..)))))))))..).))))).(((((.((((.....)))).))))).........)).)).)))).)))....))))).))...))))))))))))))..))))).))).))))))).((((((((....))))))))..)))))).)))))..))))))))........)))))))))))))).........(((((((..((((((.........))))))..))))).)).........)))))).....)))))))))))..))))))))))))))).((((((.(((((..........)))))..))))))(((((((.............)))))))..................))))))...)))))))))))))))))))))))(((((..(((((.(((.........((((((...((....))....)))))).((((((.....)))))).......))).))))))))))..))).))).)).)))))))))))))).(((((((((...........))))...)))))......(((..((..((.....))..))..)))))))....)))))..)))))))))))).)))).)))))))..(.((((((..((((((..........................))))))..)))))).)............))))))))).))))))...))))).))))).(((((.....)))))..((((((((..(((......)))..))))))))......)))))))))..)))))))))..))))))).))))).))))..)))))).))))..))))))......................((((((((((.((((((.....))))))......((((((..((.((((....))))))....))))))..(((((.........(((.(((((((((((((((.((......)).)))))).))))))))))))......)))))...((((((((((((......)))...)))).)))))....)))))))))).(((((.(((((.((((((.....)))))).......((((((((.(((.(((((((.(((((..(((((((....(((.............)))....)))))))............((..((((..(((.(((((((.((((.((.....(((((.....................)))))......((((((((((.........))))))))))............(((((((.((.(.((((.((((..(((((((((.....)))).)))))..))))))))..).)).))))))).)).))))..)))))))..)))..))))..)).((((((((((((..((((((((...)))..)))))..)))))).))))))...)))))..)))))))...))).))))))))))))).))))))))))...))))..)))))).....)))))...((((((....((..(((........)))..))...)))))))))))))....)))))))))))).))).))))))))))))))).....)))))))))))))..((((((..((((..(((......))).))))))))))(((((((((((.....(((((((.(((((........))))).)))))))...(((((..(((((.....)))))....)))))........))))))))))).....((((((((((............))))))))))....))))))).))))((((..(((...))).))))....((((((((((....((((((.((((((.(((((.((.((.(((((......))))))).((((((.(((............))).)))))))).))).)).))))))))))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{((((({(((((,,.{{{(({,,...},}}}))})))))))((.((((((((.(((((.(((...))).))))).)))))))).)).,,,,,..{{{{..||{{{{,(((((,(...,..},|}}||,(({({((((,,..{{(({({(,.,.{{(((,(({,,(.((,..............((((((((((...,((((((....)))))),..)))))....)))))...((((((((,,(,,....))).))))))))||,|{{||},||||,.....|||,..,}}..,}))),,|}}|,{({{..,|}}|{{||,,.,,,)||||,,...{|||}}||{|||||{{{(((,,,{{{{.{{{(({,(((({.((,,,,...}}.}}}}}|||}..(((((((((.....)))))))))....(({{{{..{(((,({({{(,,{,.,,{.,,.(((.(((((((((........(((((.(((((.....)))))...........)))))........))))))))))))||{((((((((((((.{{....},))))))}{{((.,,,{{{.,....,((({((((.{(.(((((,{{(((,{{{{{..{||,|,,||},,,..{{(,{((,,.,{{,,,.,||,||..}}}}.}}||{,,||.|,)},,..||,}}||((.,,{,...,|}}},,}....{({{.....|||||||,.....{{{||||,,|{{,...|},..}))})))...(((..(((.(((((.(......).))))))))..)))......,,{{{{{,{.{,{|||,.,}}||||,.....,,}}...,.,||,,||||||..{|||{....{||{||}.},,..,,|||||,|}|||,||||}.}}.}|||||},||||}}}{(({,,(({{{.((,(((((.(((((((((..(((,.,(((((..{((((.(((((...(((((({{((..,((((({(((((.......))))}.......((((((((..((((........)))).))))))))...(((((((.((((.,........||,..,{{..{{||..,)))}.,}.((((((((((((..(((((..((((,,.((((((((.,,...,{,(({{{(((,,(((((((((((.(((.....,{,.{{{{.((((......)))).}}||{{|||.{{{{....,,,,....,|,}}})}),}})))}.))).))),..}))))))).}{({{{,.,{({....,,....,,.....,,......,,||||||,,..}}}}))))}.......{((((((((((((.(.(((({.((({..........(((...(((....)))...)))..{{{.....}},((((((((((....{((({(((.((((((((....))))))))..)))..|{{{....((((((((((((((((((({,{((((((({.,.,,{,.}}....({{{{{,..((((,((((((,{{{.,(((((((,{{{{..,.,,}}},,||||}}))}}|,|||(((,{(({......,...,,|,..,,{||,..........((((({.,,..,.)}})))).,,.{{(((({(..(((((.{((...}}}})))).{{..,,{(,{{{,,.({{{,{|..,,)),)||||......|||},,||{{{{{{.{,...|..,||.,|||}},,}},,,.))))))))}}},..}))))}....(((((({.....,,,}}}}})).))))}))))),)))))))))))))}}|||,|,||{||,||||.,..)))}..))))),}}))},,},,,}}}}|}||((,.{{|{.,{{{{,{,((((,,(((,{.,,(({{,.,...,|,,...,,{{....(((((((...))))))).(((((((((((((.((......))))))})))))))))..{{{{{{{...{{{{(((((({,{,{,,,.|||}{.......{|.,,.{|,,.((((...(((((((((((,.....((((((((((((.....))))))...........(((((.(((((((((,{{({{{,,{{{(({((.{{{{{{{{((((.((((({{(((((({(((,{{(...((((((((.....,,,,(((((,((({(.{{{({.....,(((..(((((((.........)))))))..))).....{{{{{....,,.))))|,.|||,.,,,,}}),,}},..((.{((((((...((((((,({(..(((.......))).))}.})))))...,,,,..))))))}.)).||||....}}}}),))}}})))))))).}).,))))..)))...))))))))).}}||{((({...{{,((((((((..{.{......}.}.))))))))}}.,}})))},,|}}|||||}}}}|,||,||((({{.{{{,,.,,.{{{(({.....(((((((.(((.(((((......((((.(((.(((((((,({((((({{{,,.((((.{(((..(((({.{..(((({{.......{((({{..{{{...((((.(((((,.{.{((((....{((((((((({{{,{{({,{{{.|{..,{{{{,{,.....,,,......,.}}.}||,|||,,,|}}}}.)))})))),,}}}}}}..}}})),)}}}..,,,)))...)))})|((..(((((((,,((({...}))).,.,{{.(((((((((.......,,(((({{{{{,,,,(({,{({{{||,{{({{{{(({{.,,||||,||||,.........},,||}||{{{,..{{{,.....)))}(((({.,,|})))|||||{{{{.....,.})}(((((((.,.......(((((((........)))))))........}.)))))))..{{(((.(((((.....))))).)))))}}},.......,...,}}}}|}}}|}||||,.{|{,{{,..,,...((((.(((.....))))))){{{{,.........}}}},((((((.......)))))))}.,,,}})),,}}}}}}},...,,|||{{....((((.....)))),|}}}},{,.,{((....||},,,,|(((((((.,...,,.(((({((.({..(((((((....)))))))....))})}}.)))).....,.)))))))..,|.}}}))}}}},(((((((((((...((((((((.((({...,{{{{{...(((.({......))))).......})))})))).)))))))).))))))))))}(((((({...}))))))...))).)))))}}}|((((.(((((((..((,((((((.{..,.{,((((((((.(((((((((.((,,(({...,{{,.,,{,{{(((((((,({((((..((((.....))))..))))....,,.)))))}|{{(({{{{{,|||.,{{{{..{{,,{,,({,...||.|{{.||{{{{((((((((.(((.(((((((({.((.((((((.{((((((((.......))))))))}{,,....(((((((((,..((((,,,,........)})),.,,|||,,.,{{(((((((((...(((((.....))))).((........)).((((((((((......((........}},..............(((((((((....)))))))))((((.(,((((((((((.((((.(((....))).}}))).)))))))}(((((((((,..{((((((((.(((((({(.,{{..,,,,,}.,}))))).))).........)))))))))))))))....,,,....}).}.)))).(((((((((((.((((((..(((((((,,.((..(.......}),))...)))))))..)))))).((.((.((.((....)).)).)).)).{{.{|.|}.}}.||....||....||....))....((.((....)).}}.......(((.....))),,,.......,))}.}||||......,||,.(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))},......(((((((..........))))))).((((.((((...((((...(((((((((..({.((((((((((.,((,...,(((((((((.,.....((((.....)))|(((((((.(((((,,...,.,,.{{{{{|,.|{{.,,,.,(((((((((....)),}))))))|{{....||.....,,(((.(((((((.((({.,((((({,,,.....},(((....})),{((((((((((((,,.((((((((.......(((.(((..((((...((((((.((........))...)))))).))))..))).))).(((,.((((((((.{((((.........,..,,.)))).}.)))))))}....)))....)))))))).....)))))))}..,))))).,)))))))))....})))))).))).{{{,,,,)))}}}}..))).)}})}}||.,...}}))).))).}))),..,)))))))))))).).)))))))))).})..))))))))})...))))...))))..))))......})))))))))).)))))))))).((((((....)))))).((((((((((.((((.{(({,.....})))))))...)))))))))).(((.((((({...}))))))))........)))))))))..((((..(((((......(((....)))....)))))...)))).,{{{{{,((((((((((((...)))))))))))).{,,.{,.{((((((((((((((((((..,..(((....)))......,..)))))))....)))))))))))).,}}})})}}}))))}))))))))).....,,})))))).))}).))))))).))).,}}}}}}.,{((|,,,..,,,,{(((((((........))).)))))}}}))))....{{{|,(({{|(({|(({(((({,,{{,(((...{{{{,,,|||,,..}||,{{,,,}||}}}}|.,,,....((,{((.(((({...........})))}.}}))).},,}},{(((.((((((((.......)))))))))))}...,}}}}},|||{{{|.{(((((.(((...)))))))){((((((((.((((((....)))},)).))))))))}.{,.,{,({(((,,((((({.,{,({,....(((((((.....)))))))}}....)))))),,))))).}}}.,}},,,...,,}}})))),}}}}}}}}|{((((...))))}}.((((((.....)))))),,{{({{{,|||,|.....((((((.(((((.,..((((((((((...)))))).))))..,.))))).))))))...,,.|||||,,,{{{{.{{|||||||||,,.{{{{........}))),,}}})}.}}}}}},}}}|||}|||{|||,{{|,{{.{,|.,,}},,}),})}.,.))))))}{(((((((((.{{{{{,....,))}.}))))}))))|,{(((((,..,.{(((((((,({(((...(((((((((....,{{,.....}}}}))))))}....))...))).)})))))))|,|{....,,,,...{(((((..{{{{{....{{{,...,)))..}))))))))},..........)))))........,,......,,,,,,,,,.,,,........,,,,..}}}}}}}}},,}}|((((((({......)))))))),......,..)))..)).))))).)))).))))).))),.}.}.),)))))}))..))))))).))))}..)))))))..))}}))))).,).})))).(((((.((((.....)))).))))).....,||||,.}}.)))),))}....))))),))...))))))))))))))..))))).))).))))))).,{{(((((,..,)))))}}},,)))))),)}))),.)))))}}},,,,....)))))))))))))).........(((((((..((((((.........))))))..))))).)).........))))))...}}}))))))))))..)))),))))}))})),,,|,||,}})|))).,},,...,}})}}))))}}{(((((((,{{,...,,}}..)))))))}.,,})))),,})))))})))..},..,))))),),)),})))),.,|||{{.,||,,,}}..}}))))))})}))))).)}}))))))))....,,,||,..((((((.....)))))).......)))},.....))))))))))}))})))).).).)))))))))).))))))))))}|,})))))))}}}||||,,...},.|||,.,,{{(,.......}}),..,},})))....)))))..)))))))))))).)))).)))))))..{.((((((..((((((..........................))))))..)))))).},......}},..})))))))).,)))))...))))).})))).(((((.....)))))..((((((((..(((,....,)))..))))))))......)))))))))..)))))))))..))))}}}.|}}||,||||..,||||},|||}..})))),,},},,..{{(((........}}}},..||{{{{{{.......)))))))),..,,})))))},,.,}|||,|{((((.....))))}.)})))}}))}}.,,})))}}},(((((((((((((((.{{......}}.)))))).)))))))))...,}.}}})))}}}..(((((((((,((,.....)))...))))}}}))).....,||||||,..(((((.(((((,((((((.....)))))}.......{(((((((.(((.(((((((.(((((.,(((((((....(((.............)))....))))))),{{,.{{.....,|}.|||{,,(({.{{{((((.(((({,({{,...|||}}}}}).,,,,,,,..........{{{{,{{..((((((((((.,.....,.)))))))))).....}}}))).,,||,,,}}}}||||,{{((((..(((((((((.....)))).)))))..)))}})},..}.}|||||||},|||{|}}}.,}}}}}}}..))),,}})}..)),((((((((((((..((((({{{...,}}..)))))..)))))),,)))))...)))))..)))))))...))).))))))))))))).))))),}}}},))))))}}.}})))))))))}},,}}}|||||{..,,((.{(({,{{{{...|||..|}...}}}})))}))))),,))}))))))))))).))).))})),,,.)))))},..||,((((((((((((....{(((....)))))))))))),}))),)},|||{..(((((((((((.....(((((((.(((((........))))).))))))}...(((((..(((((.....)))))....)))))........))))))))))).,}..((((((((((.,..........))))))))))....))))))),)}))||{|,,,||.,,))),))))....((((((((({...,((((((.((((((.(((((.({.((.(((((......)))))})|((((((.(((.,......,...))).)))))))).))).)).))))))))))))))))))))))....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001174087.2 NCBI
AGCUGCUGCUGUCUCAGCCGCUCCACAGCGACGGCAGCGGCUGCGGCUU… 7958 nt 0.4266
NM_001174088.2 NCBI
AGCUGCUGCUGUCUCAGCCGCUCCACAGCGACGGCAGCGGCUGCGGCUU… 7934 nt 0.4258
NM_006534.4 NCBI
AGCUGCUGCUGUCUCAGCCGCUCCACAGCGACGGCAGCGGCUGCGGCUU… 7949 nt 0.4263
NM_181659.3 NCBI
AGCUGCUGCUGUCUCAGCCGCUCCACAGCGACGGCAGCGGCUGCGGCUU… 7961 nt 0.4267
Summary

The protein encoded by this gene is a nuclear receptor coactivator that interacts with nuclear hormone receptors to enhance their transcriptional activator functions. The encoded protein has histone acetyltransferase activity and recruits p300/CBP-associated factor and CREB binding protein as part of a multisubunit coactivation complex. This protein is initially found in the cytoplasm but is translocated into the nucleus upon phosphorylation. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. In addition, a polymorphic repeat region is found in the C-terminus of the encoded protein. [provided by RefSeq, Mar 2010] CIViC Summary for NCOA3 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the NCOA3 mRNA was up-regulated 2.72-fold in bone marrow cells 6 hours after 6.5 Gy whole-body ionizing radiation, as part of a microarray analysis identifying 34 up-regulated and 69 down-regulated genes involved in processes like DNA repair and apoptosis [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].