Basic Information

Symbol
NCOA5
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Receptor Coactivator 5 CIA Coactivator Independent Of AF-2 BA465L10.6 NCoA-5 KIAA1637
Location (GRCh38)
20:46060985-46089962
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020967.3
Sequence length
3224.0 nt
GC content
0.5202

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1099.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1160.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 898.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001348148.2 NCBI
ACUCUCCGCCCGGCCGCCAUUGCCUCGUGCCCGCGCCGGUCGGUUGGUG… 3157 nt 0.5217
NM_001348149.2 NCBI
ACUCUCCGCCCGGCCGCCAUUGCCUCGUGCCCGCGCCGGUCGGUUGGUG… 3247 nt 0.5214
NM_001348150.2 NCBI
ACUCUCCGCCCGGCCGCCAUUGCCUCGUGCCCGCGCCGGUCGGUUGGUG… 3104 nt 0.5222
NM_001348151.2 NCBI
ACUCUCCGCCCGGCCGCCAUUGCCUCGUGCCCGCGCCGGUCGGUUGGUG… 3180 nt 0.5230
NM_020967.3 NCBI
ACUCUCCGCCCGGCCGCCAUUGCCUCGUGCCCGCGCCGGUCGGUUGGUG… 3224 nt 0.5202
Summary

This gene encodes a coregulator for the alpha and beta estrogen receptors and the orphan nuclear receptor NR1D2. The protein localizes to the nucleus, and is thought to have both coactivator and corepressor functions. Its interaction with nuclear receptors is independent of the AF2 domain on the receptors, which is known to regulate interaction with other coreceptors. Several alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2017]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.