Basic Information

Symbol
NCOR1
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Receptor Corepressor 1 N-CoR KIAA1047 PPP1R109 HN-CoR TRAC1 Thyroid Hormone- And Retinoic Acid Receptor-Associated Corepressor 1 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 109 HCIT529I10 MGC104216 N-CoR1 Nuclear Receptor Co-Repressor 1
Location (GRCh38)
17:16029065-16218185
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006311.4
Sequence length
10705.0 nt
GC content
0.4516

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3102.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3290.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2415.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001190438.1 NCBI
GUGGUUUCCUAGAAACAUGAUUGUUUAUUGGCAUUGAUCUCACAGUCUG… 3106 nt 0.4353
NM_001190440.1 NCBI
GUGGUUUCCUAGAAACAUGAUUGUUUAUUGGCAUUGAUCUCACAGUCUG… 9301 nt 0.4525
NM_006311.4 NCBI
GAGUCAAGAUGGCGGCCAAGGUGGCGAAGCAGCAGCCGCGGCGGCGGCG… 10705 nt 0.4516
Summary

This gene encodes a protein that mediates ligand-independent transcription repression of thyroid-hormone and retinoic-acid receptors by promoting chromatin condensation and preventing access of the transcription machinery. It is part of a complex which also includes histone deacetylases and transcriptional regulators similar to the yeast protein Sin3p. This gene is located between the Charcot-Marie-Tooth and Smith-Magenis syndrome critical regions on chromosome 17. Alternate splicing results in multiple transcript variants. Pseudogenes of this gene are found on chromosomes 17 and 20.[provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

A study in humans analyzing pericontusional brain tissue from traumatic brain injury (TBI) patients via cDNA microarray identified the NCOR1 as a differentially expressed mRNA involved in transcriptional control, showing a 50% up-regulation in one TBI patient (T6) [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].