Basic Information

Symbol
NDRG1
RNA class
mRNA
Alias
N-Myc Downstream Regulated 1 DRG1 RTP CAP43 TDD5 NDR1 Reducing Agents And Tunicamycin-Responsive Protein N-Myc Downstream-Regulated Gene 1 Protein Nickel-Specific Induction Protein Cap43 Differentiation-Related Gene 1 Protein Protein NDRG1 DRG-1 Protein Regulated By Oxygen-1 PROXY1 CMT4D HMSNL RIT42 TARG1 Rit42 NMSL GC4
Location (GRCh38)
8:133237175-133302022
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006096.4
Sequence length
3025.0 nt
GC content
0.5488

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1125.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1176.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 876.21
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001135242.2 NCBI
AAACCUCGCCUGGCUCCCAGCUGGUGCUGAAGCUCGUCAGUUCACCAUC… 3422 nt 0.5620
NM_001258432.2 NCBI
AAACCUCGCCUGGCUCCCAGCUGGUGCUGAAGCUCGUCAGUUCACCAUC… 2908 nt 0.5478
NM_001258433.2 NCBI
AAACCUCGCCUGGCUCCCAGCUGGUGCUGAAGCUCGUCAGUUCACCAUC… 2919 nt 0.5485
NM_001374844.1 NCBI
AAACCUCGCCUGGCUCCCAGCUGGUGCUGAAGCUCGUCAGUUCACCAUC… 3076 nt 0.5510
NM_001374845.1 NCBI
GCGUUAGGUAAGCCCGCGCCCUCUUCUCCCAGGCGCGACGCGGAGCAGA… 3043 nt 0.5511
NM_001374846.1 NCBI
GUCUGGGAACGGAGAGAUUGCGCGCGAGUGUGUAGAUGAGGGGUUGGUA… 2958 nt 0.5443
NM_001374847.1 NCBI
AAACCUCGCCUGGCUCCCAGCUGGUGCUGAAGCUCGUCAGUUCACCAUC… 2944 nt 0.5479
NM_006096.4 NCBI
AAACCUCGCCUGGCUCCCAGCUGGUGCUGAAGCUCGUCAGUUCACCAUC… 3025 nt 0.5488
Summary

This gene is a member of the N-myc downregulated gene family which belongs to the alpha/beta hydrolase superfamily. The protein encoded by this gene is a cytoplasmic protein involved in stress responses, hormone responses, cell growth, and differentiation. The encoded protein is necessary for p53-mediated caspase activation and apoptosis. Mutations in this gene are a cause of Charcot-Marie-Tooth disease type 4D, and expression of this gene may be a prognostic indicator for several types of cancer. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

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