Basic Information

Symbol
NDST1
RNA class
mRNA
Alias
N-Deacetylase And N-Sulfotransferase 1 [Heparan Sulfate]-Glucosamine N-Sulfotransferase 1 NST1 HSST Heparan Sulfate/Heparin GlcNAc N-Deacetylase/GlcN N-Sulfotransferase 1 Bifunctional Heparan Sulfate N-Deacetylase/N-Sulfotransferase 1 N-Deacetylase/N-Sulfotransferase (Heparan Glucosaminyl) 1 Glucosaminyl N-Deacetylase/N-Sulfotransferase 1 N-Heparan Sulfate Sulfotransferase 1 N-Deacetylase-N-Sulfotransferase 1 N-HSST 1 HSNST 1 NDST-1 Heparan Sulfate-N-Deacetylase/N-Sulfotransferase N-Deacetylase/N-Sulfotransferase 1 MRT46 HSST1
Location (GRCh38)
5:150485648-150558211
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001543.5
Sequence length
8011.0 nt
GC content
0.5665

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3230.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3372.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1890.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001301063.2 NCBI
AUUCAUUCUGUUCUCCCGGCCCCGAAGGGAUGACGAGGCCCUGAGCACC… 7945 nt 0.5653
NM_001543.5 NCBI
CUGGCCCUGGGAUUAGGUGCAGCCGUGUUAAGGAGAGGACAUUCGAGAG… 8011 nt 0.5665
Summary

This gene encodes a member of the heparan sulfate/heparin GlcNAc N-deacetylase/ N-sulfotransferase family. The encoded enzyme is a type II transmembrane protein that resides in the Golgi apparatus. The encoded protein catalyzes the transfer of sulfate from 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate to nitrogen of glucosamine in heparan sulfate. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2014]

Forensic Context

A study in humans and mice demonstrated that the NDST1 is a migrasome-related gene component of a diagnostic signature for acute myocardial infarction (AMI), where it was found to be upregulated in AMI cases within the training cohort [Zhu et al. DOI:10.3390/biomedicines12071626].