Basic Information

Symbol
NDST3
RNA class
mRNA
Alias
N-Deacetylase And N-Sulfotransferase 3 HSST3 Bifunctional Heparan Sulfate N-Deacetylase/N-Sulfotransferase 3 N-Deacetylase/N-Sulfotransferase (Heparan Glucosaminyl) 3 Glucosaminyl N-Deacetylase/N-Sulfotransferase 3 N-Heparan Sulfate Sulfotransferase 3 GlcNAc N-Deacetylase/ N-Sulfotransferase 3 N-Deacetylase/N-Sulfotransferase 3 N-HSST 3 HNDST-3 NDST-3
Location (GRCh38)
4:118033579-118258634
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004784.3
Sequence length
5806.0 nt
GC content
0.3758

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1476.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1584.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1238.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004784.3 NCBI
GUAAAGUCAAAAAGCCUGAGCCGAUGGUAACGAGUGGUACUGUUUCCGU… 5806 nt 0.3758
Summary

This gene encodes a member of the heparan sulfate/heparin GlcNAc N-deacetylase/ N-sulfotransferase family. The encoded enzyme is a type II transmembrane protein that resides in the Golgi apparatus. This monomeric bifunctional enzyme catalyzes the N-deacetylation and N-sulfation of N-acetylglucosamine residues in heparan sulfate and heparin, which are the initial chemical modifications required for the biosynthesis of the functional oligosaccharide sequences that define the specific ligand binding activities of heparan sulfate and heparin. [provided by RefSeq, Nov 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem nucleus accumbens tissue from alcohol dependence cases and controls identified the NDST3 as a target of a circRNA-miRNA-mRNA interaction, where it was positively correlated with circRNA-406742 and negatively correlated with miR-1200 [Vornholt et al. DOI:10.1111/Adb.13071].