Basic Information

Symbol
NDUFS2
RNA class
mRNA
Alias
NADH:Ubiquinone Oxidoreductase Core Subunit S2 NADH Dehydrogenase [Ubiquinone] Iron-Sulfur Protein 2, Mitochondrial CI-49 NADH Dehydrogenase (Ubiquinone) Fe-S Protein 2, 49kDa (NADH-Coenzyme Q Reductase) NADH-Ubiquinone Oxidoreductase 49 KDa Subunit Complex I 49kDa Subunit CI-49kD NADH Dehydrogenase (Ubiquinone) Fe-S Protein 2 (49kD) (NADH-Coenzyme Q Reductase) Complex 1, Mitochondrial Respiratory Chain, 49-KD Subunit NADH-Ubiquinone Oxidoreductase NDUFS2 Subunit Complex I-49kD EC 1.6.99.5 EC 7.1.1.2 LHONAR2 MC1DN6
Location (GRCh38)
1:161197104-161214723
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001377299.1
Sequence length
1613.0 nt
GC content
0.5195

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-577.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -607.09 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 575.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001166159.2 NCBI
AGUCUGCAGCCGGAGUAAGAUGGCGGCGCUGAGGGCUUUGUGCGGCUUC… 1847 nt 0.5133
NM_001377298.1 NCBI
GAGGAAAGGAUGGAGCCUCAGGCAGCCUCGCAGUCCGGCCACAGUGUGU… 1904 nt 0.5289
NM_001377299.1 NCBI
AGUCUGCAGCCGGAGUAAGAUGGCGGCGCUGAGGGCUUUGUGCGGCUUC… 1613 nt 0.5195
NM_001377300.1 NCBI
GAGGAAAGGAUGGAGCCUCAGGCAGCCUCGCAGUCCGGCCACAGUGUGU… 2138 nt 0.5225
NM_001377301.1 NCBI
GUGGGACAGAGCCCCAGGAGAGGCAGAGAGUGAGGGAAAGGGCCUGGCC… 2286 nt 0.5245
NM_001377302.1 NCBI
AGUCUGCAGCCGGAGUAAGAUGGCGGCGCUGAGGGCUUUGUGCGGCUUC… 1638 nt 0.5189
NM_001410889.1 NCBI
AGUCUGCAGCCGGAGUAAGAUGGCGGCGCUGAGGGCUUUGUGCGGCUUC… 1535 nt 0.5231
NM_004550.5 NCBI
GCCCCAGGAGAGGCAGAGAGUGAGGGAAAGGGCCUGGCCGGCAUGCACA… 2042 nt 0.5304
Summary

The protein encoded by this gene is a core subunit of the mitochondrial membrane respiratory chain NADH dehydrogenase (complex I). Mammalian mitochondrial complex I is composed of at least 43 different subunits, 7 of which are encoded by the mitochondrial genome, and the rest are the products of nuclear genes. The iron-sulfur protein fraction of complex I is made up of 7 subunits, including this gene product. Complex I catalyzes the NADH oxidation with concomitant ubiquinone reduction and proton ejection out of the mitochondria. Mutations in this gene are associated with mitochondrial complex I deficiency. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

A study in the flesh fly *Sarcophaga peregrina* demonstrated that the NDUFS2 is a differentially expressed RNA marker whose expression increases during pupal development at 25°C and can be used for precise intrapuparial age estimation [Shang et al. DOI:10.1007/s00414-022-02934-7]. A review further notes that the NDUFS2 is a differentially expressed gene identified during the intra-puparial stage of *Sarcophaga peregrina* for age estimation [Mei et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2026.102801].